GWAS 分析脚本项目的启动和配置教程-优快云博客

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GWAS 分析脚本项目的启动和配置教程

gwas_scripts Codebook from my GWAS cookbook 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/gw/gwas_scripts

1. 项目的目录结构及介绍

gwas_scripts 项目是一个开源的基因组宽关联分析（GWAS）脚本集合，用于进行基因组数据的质控、填充和统计分析。以下是项目的目录结构及其内容的简要介绍：

gwas_scripts/
├── AddChromosomeNumber.sh
├── Add ManhattanPlotinRBumblebee.R
├── DropDuplicatedPositions.sh
├── DropDuplicatedSNPs.sh
├── ExtractAncestryOutliers.sh
├── FilterByInfoAll.sh
├── GenewiseManhattanPlotinR.R
├── Get_Covariates.R
├── ID_Build.py
├── IdHets.R
├── IndividualIBD.R
├── Iterative_Missingness.sh
├── LICENSE
├── MakeChunks.sh
├── MakeKeepIDs.sh
├── Make_glist.sh
├── ManhattanPlotinR.R
├── ManhattanPlotinRBumblebee.R
├── Manhattan_Plot_For_DTP.R
├── Master_imputation_script_posterior_sampled_haps.sh
├── MergeImputedChunks.sh
├── Modified_submit_impute2_jobs_to_cluster.R
├── PC-VS-OUTCOME_IN_R_FULL.R
├── PC-VS-OUTCOME_IN_R_SHORT.R
├── PC_Plot_1KG.R
├── PC_Plot_1KG_Greyed.R
├── PlotPCs.R
├── Prototype_imputation_job_posterior_sampled_haps.sh
├── QQPlot_For_DTP.R
├── QQPlotinR.R
├── QQPlotinR_Alternate.R
├── README.md
├── Relabel_rs.sh
├── ReplaceDots.sh
├── highLDregions4bim_b37.awk
├── highLDregions4bim_b38.awk
├── manhattan_DOG_TRY.R
├── manhattan_v2.R
├── manhattan_v2_bumblebee.R
├── qq_plot_v7.R

脚本文件：以上文件主要是用bash和R语言编写的脚本，用于执行各种GWAS分析任务，如质控、数据转换、可视化等。
许可证文件：LICENSE 文件包含了项目的开源许可证信息。
项目说明文件：README.md 文件提供了项目的详细说明和引用信息。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动主要是运行各个脚本文件，具体步骤如下：

确保你的系统中已经安装了所需的软件依赖，如PLINK、R和EIGENSOFT等。

将项目克隆到本地：

git clone https://github.com/JoniColeman/gwas_scripts.git
cd gwas_scripts

根据项目需求，配置文件路径和参数，例如设置数据的根目录、样本文件、协变量文件等。
运行相应的脚本文件以执行特定的GWAS分析任务。例如，运行 AddChromosomeNumber.sh 脚本添加染色体编号：
```
bash AddChromosomeNumber.sh
```

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置主要通过修改脚本中的参数来实现。以下是一些常见的配置步骤：

配置文件路径：在脚本中，通常需要设置数据文件和输出文件的路径。例如：
```
printf "root=/path/to/rootname\n" > Config.conf
```
修改脚本参数：根据实际情况，可能需要修改脚本中的参数，如样本名、SNP列表等。
环境变量配置：确保脚本中引用的软件路径是正确的，如PLINK和R的安装路径。
执行权限设置：对于bash脚本，需要设置执行权限：
```
chmod +x script_name.sh
```