nf-core/mag 项目推荐

nf-core/mag 项目推荐

mag Assembly and binning of metagenomes 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ma/mag

nf-core/mag 是一个针对宏基因组进行组装和分箱的最佳实践生物信息学分析流程。该项目主要使用 Nextflow 编程语言编写，同时包含了 Python、Shell、R 和 HTML 等语言的代码。

1. 项目基础介绍和主要编程语言

nf-core/mag 是一个开源项目，旨在为宏基因组分析提供一个集成的、可扩展的流程。该流程支持短读取和长读取数据，通过一系列高质量的工具进行数据的质量控制、组装、分箱和注释。主要编程语言为 Nextflow，这是一种用 JVM（Java 虚拟机）编写的流程语言，它允许研究人员定义和分析复杂的生物信息学工作流程。

2. 项目的核心功能

• 数据质量控制：使用 fastp 和 Porechop 对读取数据进行质量和适配器修剪，并使用 FastQC 进行基本的质量控制。
• 组装和分箱：支持使用 MEGAHIT 和 SPAdes 进行组装，并使用 MetaBAT2、MaxBin2 和 CONCOCT 等工具进行宏基因组分箱。
• 注释：通过 Prodigal 预测编码基因，使用 Prokka 和 MetaEuk 进行注释。
• 质量控制：使用 Busco、CheckM 或 CheckM2 对组装和分箱结果进行质量控制。
• 税onomic 分析：对读取和基因组bins进行 GTDB-Tk 和 CAT 的税onomic 分析。
• 病毒和真核生物检测：使用 geNomad 或 Tiara 检测组装结果中的病毒和真核生物。

3. 项目最近更新的功能

• 增强了对古 DNA 验证和修复的支持：通过 pyDamage 和 freebayes 对古 DNA 进行验证和修复。
• 改进了分箱工具：增加了对 DAS Tool 的支持，用于精炼bins。
• 增加了新的选项：提供了新的参数来启用组别共组装（group-wise co-assembly）和共丰度计算（co-abundance computation）。
• 改进了报告功能：增加了 MultiQC 报告，汇总了一些发现和软件版本信息。

通过这些更新，nf-core/mag 进一步提高了其在宏基因组分析领域的应用范围和实用性，为研究人员提供了一个更加完善和强大的分析工具。

mag Assembly and binning of metagenomes 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ma/mag