brainreg 项目教程

brainreg 项目教程

brainreg Automated 3D brain registration with support for multiple species and atlases. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/br/brainreg

1. 项目目录结构及介绍

brainreg 项目的目录结构如下：

brainreg/
├── brainreg/
│   ├── __init__.py
│   ├── main.py
│   ├── ...
├── examples/
│   ├── example1.py
│   ├── example2.py
│   ├── ...
├── tests/
│   ├── test_main.py
│   ├── ...
├── github/workflows/
│   ├── ci.yml
│   ├── ...
├── napari-hub/
│   ├── ...
├── flake8/
│   ├── ...
├── .gitignore
├── .pre-commit-config.yaml
├── CITATION.cff
├── LICENSE
├── MANIFEST.in
├── README.md
├── codecov.yml
├── pyproject.toml
└── ...

目录结构介绍

• brainreg/: 项目的主代码目录，包含主要的 Python 文件和模块。

  • __init__.py: 初始化文件，用于将目录标记为 Python 包。
  • main.py: 项目的启动文件，包含主要的执行逻辑。
  • 其他文件和子目录：包含项目的核心功能代码。

• examples/: 包含项目的示例代码，帮助用户理解和使用项目。

• tests/: 包含项目的测试代码，用于确保代码的正确性和稳定性。

• github/workflows/: 包含 GitHub Actions 的工作流配置文件，用于自动化 CI/CD 流程。

• napari-hub/: 包含与 napari 插件相关的代码和配置文件。

• flake8/: 包含 flake8 代码风格检查的配置文件。

• .gitignore: 指定 Git 版本控制系统忽略的文件和目录。

• .pre-commit-config.yaml: 配置 pre-commit 钩子，用于在提交代码前执行代码检查和格式化。

• CITATION.cff: 项目的引用信息，用于学术引用。

• LICENSE: 项目的开源许可证文件。

• MANIFEST.in: 指定在打包项目时包含的文件。

• README.md: 项目的介绍和使用说明文档。

• codecov.yml: 配置 codecov 代码覆盖率工具。

• pyproject.toml: 项目的构建和依赖管理配置文件。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件是 brainreg/main.py。该文件包含了项目的核心逻辑和启动代码。用户可以通过运行该文件来启动项目的主要功能。

主要功能

• 图像注册: 将模板脑图像注册到样本图像。
• 多物种支持: 支持多种物种的脑图像注册。
• 多分辨率支持: 支持不同分辨率的脑图像注册。

使用方法

python brainreg/main.py

3. 项目的配置文件介绍

1. .pre-commit-config.yaml

该文件配置了 pre-commit 钩子，用于在提交代码前执行代码检查和格式化。

2. pyproject.toml

该文件是项目的构建和依赖管理配置文件，包含了项目的依赖项、构建工具和其他配置信息。

3. codecov.yml

该文件配置了 codecov 代码覆盖率工具，用于跟踪和报告代码的测试覆盖率。

4. flake8/

该目录包含 flake8 代码风格检查的配置文件，用于确保代码风格的一致性。

5. github/workflows/

该目录包含 GitHub Actions 的工作流配置文件，用于自动化 CI/CD 流程。

6. napari-hub/

该目录包含与 napari 插件相关的代码和配置文件，用于扩展项目的功能。

通过以上配置文件，用户可以自定义项目的构建、测试和部署流程，确保项目的稳定性和可维护性。

brainreg Automated 3D brain registration with support for multiple species and atlases. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/br/brainreg