PHTrans 项目使用教程

PHTrans 项目使用教程

1. 项目目录结构及介绍

PHTrans/
├── PHTrans/
│   ├── __init__.py
│   ├── model.py
│   ├── utils.py
│   └── ...
├── nnUNet/
│   ├── __init__.py
│   ├── dataset.py
│   ├── trainer.py
│   └── ...
├── .gitignore
├── LICENSE
├── README.md
└── ...

目录结构说明

• PHTrans/: 项目的主要代码目录，包含了模型的实现、工具函数等。

  • __init__.py: 初始化文件，用于导入模块。
  • model.py: 定义了PHTrans模型的核心代码。
  • utils.py: 包含了一些辅助函数和工具。
  • ...: 其他相关文件和子目录。

• nnUNet/: 包含了数据处理、训练和评估的相关代码。

  • __init__.py: 初始化文件，用于导入模块。
  • dataset.py: 数据集处理的相关代码。
  • trainer.py: 训练和评估的代码。
  • ...: 其他相关文件和子目录。

• .gitignore: Git忽略文件，指定了不需要版本控制的文件和目录。

• LICENSE: 项目的开源许可证文件。

• README.md: 项目的说明文档，包含了项目的简介、安装和使用说明等。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件主要位于nnUNet/目录下，特别是trainer.py和dataset.py文件。

trainer.py

trainer.py文件包含了训练和评估模型的主要逻辑。通过该文件，用户可以启动训练过程，并进行模型的评估。

dataset.py

dataset.py文件负责数据集的加载和预处理。用户可以通过该文件配置数据集的路径、预处理参数等。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件主要通过命令行参数和环境变量进行配置。以下是一些常用的配置项：

数据集配置

• 数据集路径: 通过命令行参数指定数据集的路径。

  PHTrans_BCV -dataset_path DATASET_PATH
  

训练配置

• 任务类型: 指定训练的任务类型。

  PHTrans_train -task 17OR27 --fold 0
  

• 实验ID: 指定实验的ID，用于区分不同的训练实验。

  PHTrans_train -task 17OR27 -eei EXPERIMENT_ID -val
  

其他配置

• 预训练模型: 可以通过命令行参数指定预训练模型的路径。

  PHTrans_train -pretrained_model_path PRETRAINED_MODEL_PATH
  

通过以上配置，用户可以灵活地调整项目的运行参数，以适应不同的需求和环境。