slim:一款跨平台的数字切片显微图像查看与标注工具
在数字病理学及成像数据科学领域,能够高效查看和分析数字切片显微图像的工具至关重要。今天,我们就来为大家介绍一款开源项目——Slim,它不仅功能强大,而且具有跨平台的特性。
项目介绍
Slim 是一个单页应用程序,用于交互式查看和标注标准的 DICOM 格式的数字全切片显微图像及其图像分析结果。该应用基于 JavaScript 库 dicom-microscopy-viewer 开发,完全在客户端运行,无需任何自定义服务器组件。它依赖于 DICOMweb RESTful 服务来搜索、检索和存储成像数据,可以轻松地部署到任何符合 DICOMweb 标准的图像管理系统(IMS)、医学影像存储和通讯系统(PACS)或厂商中立归档(VNA)。
项目技术分析
Slim 的技术架构充分考虑了互操作性和易用性。它使用 DICOMweb 服务与后端通信,这意味着它可以与任何支持 DICOMweb 的服务器无缝集成。此外,Slim 支持多种 DICOM 图像实例的显示,包括向量图形和光栅图形标注,以及分割和参数图等。这使得它在不同的成像数据科学应用中具有广泛的适用性。
Slim 还提供了强大的标注工具,用户可以创建图形化的图像区域兴趣(ROI)标注,并以 DICOM Comprehensive 3D SR 实例的形式存储。这些标注以三维空间坐标(SCOORD3D)的形式存储,并与测量和定性评估(标签)一起,使用标准的医学术语进行描述。
项目技术应用场景
Slim 已经在实际应用中得到了验证,被美国国家癌症研究所的成像数据公共库(IDC)用作切片显微图像查看器。IDC 提供了大量的癌症成像数据集,通过 Slim,研究人员可以方便地进行图像的查看和分析。
此外,Slim 在多个场合的成功演示,包括 DICOM WG-26 连接测试和黑客松活动,证明了它与其他图像获取和管理系统的互操作性。
项目特点
以下是 Slim 的一些显著特点:
- 跨平台兼容性:由于基于 Web 技术,Slim 可以在多种设备上运行,无论是桌面还是移动设备。
- 互操作性:与 DICOMweb 标准兼容,可以轻松集成到现有的图像管理系统中。
- 丰富的标注功能:提供多种标注工具,支持向量图形和光栅图形标注。
- 安全性:支持 OpenID Connect (OIDC) 基于 OAuth 2.0 的认证和授权。
- 灵活的配置:允许通过配置文件调整服务器的设置,包括处理混合内容和 HTTPS 的配置。
综上所述,Slim 是一款功能全面、易于使用且高度可定制的数字切片显微图像查看与标注工具,适用于成像数据科学和计算病理学的研究人员。它的开源特性也为社区贡献和进一步的开发提供了广阔的空间。
通过这篇文章,我们希望更多的用户了解并开始使用 Slim,进一步推动其在数字病理学领域的发展。如果您对该项目感兴趣,可以访问项目的官方网站进一步了解和下载使用。
创作声明:本文部分内容由AI辅助生成(AIGC),仅供参考