Protenix 开源项目使用教程

Protenix 开源项目使用教程

Protenix A trainable PyTorch reproduction of AlphaFold 3. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/pr/Protenix

1. 项目目录结构及介绍

Protenix 项目目录结构如下：

Protenix/
├── .github/              # GitHub 工作流和配置文件
├── assets/               # 静态资源文件
├── configs/              # 配置文件
├── docs/                 # 文档
├── examples/             # 示例文件
├── notebooks/            # Jupyter 笔记本
├── protenix/             # Protenix 核心代码
├── runner/               # 运行脚本
├── scripts/              # 执行脚本
├── tests/                # 测试文件
├── .flake8               # flake8 配置文件
├── .gitignore            # git 忽略文件
├── .pre-commit-config.yaml # pre-commit 配置文件
├── CODE_OF_CONDUCT.md    # 行为准则
├── CONTRIBUTING.md       # 贡献指南
├── Dockerfile            # Docker 配置文件
├── LICENSE               # 许可证文件
├── Protenix_Technical_Report.pdf # 技术报告
├── README.md             # 项目说明文件
├── finetune_demo.sh      # 调整演示脚本
├── inference_demo.sh     # 推断演示脚本
├── requirements.txt      # 项目依赖
├── setup.py              # 设置文件
├── train_demo.sh         # 训练演示脚本

• .github/：包含项目的 GitHub 工作流和配置文件。
• assets/：存储静态资源文件。
• configs/：包含项目配置文件。
• docs/：存放项目文档。
• examples/：包含项目使用示例。
• notebooks/：Jupyter 笔记本，用于数据分析和可视化。
• protenix/：Protenix 的核心代码库。
• runner/：运行脚本，用于启动项目。
• scripts/：执行脚本，用于辅助项目开发。
• tests/：测试文件，用于验证代码质量。
• .flake8：flake8 配置文件，用于代码风格检查。
• .gitignore：git 忽略文件，指定 git 忽略的文件和目录。
• .pre-commit-config.yaml：pre-commit 配置文件，用于自动化代码检查。
• CODE_OF_CONDUCT.md：行为准则，规定项目参与者的行为规范。
• CONTRIBUTING.md：贡献指南，指导如何为项目贡献代码。
• Dockerfile：Docker 配置文件，用于构建项目镜像。
• LICENSE：许可证文件，本项目采用 Apache-2.0 许可。
• Protenix_Technical_Report.pdf：项目技术报告。
• README.md：项目说明文件，介绍项目相关信息。
• finetune_demo.sh、inference_demo.sh、train_demo.sh：项目使用演示脚本。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件主要包括 setup.py 和 runner/ 目录下的脚本。

• setup.py：Python 设置文件，用于安装项目依赖和设置项目环境。
• runner/：包含项目运行所需的各种脚本，例如 run.sh。

以 setup.py 为例，使用以下命令安装项目依赖：

python3 setup.py develop --cpu

这将在 CPU-only 的机器上安装项目依赖。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件主要位于 configs/ 目录下。

• configs/：包含项目配置文件，如 config.json。

项目配置文件通常用于设置项目运行时的参数，如数据路径、模型参数等。配置文件应以 JSON 格式编写，以便于阅读和修改。

例如，一个简单的配置文件 config.json 可能如下所示：

{
  "data_path": "/path/to/data",
  "model_params": {
    "num_layers": 12,
    "hidden_size": 768,
    "intermediate_size": 3072
  }
}

在项目运行时，可以读取配置文件并根据其中的参数设置项目行为。

Protenix A trainable PyTorch reproduction of AlphaFold 3. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/pr/Protenix