Molly.jl 项目使用与配置教程

Molly.jl 项目使用与配置教程

Molly.jl Molecular simulation in Julia 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mo/Molly.jl

1. 项目的目录结构及介绍

Molly.jl 是一个纯 Julia 语言编写的分子动力学（MD）模拟包，广泛用于物理系统的模拟。项目的目录结构如下：

• benchmark/：包含性能测试的代码和结果。
• data/：存储示例数据，如坐标文件和参数文件。
• docs/：存放项目的文档，包括安装、使用和开发指南。
• exercises/：提供一些练习和示例代码，帮助用户学习和理解如何使用 Molly.jl。
• ext/：包含对其他包的扩展和接口。
• src/：Molly.jl 的核心源代码，包括模块和函数。
• test/：存放测试代码，确保包的功能按预期工作。
• .gitattributes：定义 Git 的一些行为，如文件的换行符。
• .gitignore：指定 Git 忽略的文件和目录。
• CITATION.bib：包含项目引用信息的 BibTeX 文件。
• CODE_OF_CONDUCT.md：项目的行为准则。
• LICENSE.md：项目的许可证信息。
• NEWS.md：记录项目的更新和变化。
• Project.toml：项目的配置文件，包括依赖和元数据。
• README.md：项目的自述文件，提供项目的概述和如何使用。

2. 项目的启动文件介绍

要开始使用 Molly.jl，首先需要确保安装了 Julia。然后，在 Julia 的包模式中，通过以下命令添加 Molly 包：

] add Molly

添加完成后，可以通过以下代码来启动一个简单的分子动力学模拟：

using Molly

# 设置模拟参数
n_atoms = 100
boundary = CubicBoundary(2.0 * u"nm")
temp = 298.0 * u"K"
atom_mass = 10.0 * u"g/mol"
atoms = [Atom(mass=atom_mass, σ=0.3 * u"nm", ϵ=0.2 * u"kJ * mol^-1") for i in 1:n_atoms]

# 初始化原子坐标和速度
coords = place_atoms(n_atoms, boundary; min_dist=0.3 * u"nm")
velocities = [random_velocity(atom_mass, temp) for i in 1:n_atoms]

# 设置相互作用和模拟器
pairwise_inters = (LennardJones(),)
simulator = VelocityVerlet(dt=0.002 * u"ps", coupling=AndersenThermostat(temp, 1.0 * u"ps"))

# 创建系统并运行模拟
sys = System(atoms=atoms, coords=coords, boundary=boundary, velocities=velocities, pairwise_inters=pairwise_inters)
simulate!(sys, simulator, 10_000)

以上代码创建了一个包含 100 个原子的 Lennard-Jones 流体，并运行了 10,000 步的模拟。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件是 Project.toml，它定义了项目的依赖和元数据。以下是一个示例：

[package]
name = "Molly"
uuid = "9a28ad8d-f17e-4650-9d0f-3e51702169ca"
version = "0.22.1"

[dependencies]
Chemfiles = "3.0.0"
LinearAlgebra = "0.0.0"
BenchmarkTools = "0.0.0"
Parameters = "0.0.0"
TimerOutputs = "0.0.0"
Unitful = "0.0.0"
RecipesBase = "0.0.0"
Plots = "0.0.0"
Makie = "0.0.0"
AtomsBase = "0.0.0"
AtomsCalculators = "0.0.0"

在此文件中，[package] 部分定义了项目的名称、UUID 和版本。[dependencies] 部分列出了项目依赖的其他包。这些配置确保了项目可以在具有正确依赖项的环境中正确安装和运行。

通过以上介绍，用户应能了解 Molly.jl 的基本结构和如何开始使用它进行分子动力学模拟。

Molly.jl Molecular simulation in Julia 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mo/Molly.jl