trimAl项目使用教程

trimAl项目使用教程

trimal A tool for automated alignment trimming in large-scale phylogenetic analyses. Development version: 2.0 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/tr/trimal

1. 项目目录结构及介绍

trimAl项目是一个用于自动化大规模系统发育分析中的序列比对裁剪的工具。以下是项目的目录结构及各部分的介绍：

• AUTHORS：记录了项目的贡献者信息。
• CHANGELOG：包含了项目的历史更新和修改记录。
• LICENSE：项目的开源协议，本项目采用GPL-3.0协议。
• README.md：项目的介绍和说明文件。
• dataset：存放示例数据集的目录。
• docs：包含项目文档的目录。
• scripts：存放项目相关脚本文件的目录。
• source：源代码目录，包含了trimAl和readAl的核心代码。
• .gitignore：配置Git忽略文件列表。
• .github/workflows：GitHub Actions工作流配置文件，用于自动化项目的一些操作。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动主要是通过编译源代码来进行。在源代码目录source中，有两个主要的程序：

• trimAl：主要负责进行序列比对的裁剪操作。
• readAl：用于读取和转换序列比对格式。

编译启动命令通常如下：

cd path/to/trimAl/source
make

编译完成后，可以在当前目录下找到trimAl和readAl的可执行文件。

3. 项目的配置文件介绍

trimAl项目并没有一个独立的配置文件，其运行主要依赖于命令行参数。以下是一些常见的命令行参数：

• -in <filename>：指定输入的序列比对文件。
• -out <filename>：指定输出裁剪后的序列比对文件。
• -trim <mode>：选择裁剪模式，例如automated1、automated2等。

例如，以下是一个基本的trimAl命令示例：

trimAl -in input.aln -out output.aln -trim automated1

这个命令将会读取input.aln文件，并使用automated1模式进行裁剪，最后将结果保存到output.aln文件中。

在使用前，请确保已经正确编译了源代码，并且理解了各个命令行参数的作用。

trimal A tool for automated alignment trimming in large-scale phylogenetic analyses. Development version: 2.0 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/tr/trimal