pb-metagenomics-tools 项目使用教程

pb-metagenomics-tools 项目使用教程

pb-metagenomics-tools Tools and pipelines tailored to using PacBio HiFi Reads for metagenomics 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/pb/pb-metagenomics-tools

1. 项目的目录结构及介绍

pb-metagenomics-tools 项目是一个用于使用 PacBio HiFi Reads 进行宏基因组分析的工具和管道集合。项目的目录结构如下：

pb-metagenomics-tools/
├── HiFi-MAG-Pipeline/
├── Taxonomic-Profiling-Diamond-Megan/
├── Taxonomic-Profiling-Minimap-Megan/
├── Taxonomic-Profiling-Sourmash/
├── docs/
├── pb-MAG-mirror/
├── pb-metagenomics-scripts/
├── .gitignore
├── LICENSE
├── README.md
└── environment.yml

目录介绍

• HiFi-MAG-Pipeline/: 用于从 HiFi 宏基因组组装中识别高质量 MAGs（宏基因组组装基因组）的管道。
• Taxonomic-Profiling-Diamond-Megan/: 使用 DIAMOND 进行翻译比对，并通过 MEGAN-LR 进行分类和功能注释。
• Taxonomic-Profiling-Minimap-Megan/: 使用 minimap2 进行比对，并通过 MEGAN-LR 进行分类。
• Taxonomic-Profiling-Sourmash/: 使用 sourmash 进行分类。
• docs/: 包含所有 Snakemake 管道的文档。
• pb-MAG-mirror/: 用于比较两组 MAGs 并量化高度相似、混合和唯一 MAGs 的工具。
• pb-metagenomics-scripts/: 包含用于宏基因组任务的脚本和工具。
• .gitignore: Git 忽略文件。
• LICENSE: 项目许可证文件。
• README.md: 项目介绍和使用说明。
• environment.yml: Conda 环境配置文件。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件主要是各个管道的 Snakemake 工作流文件。每个管道目录下都有一个 Snakefile，用于定义工作流的步骤和依赖关系。

示例：HiFi-MAG-Pipeline 的启动文件

HiFi-MAG-Pipeline/
├── Snakefile
├── config.yaml
└── ...

• Snakefile: 定义了 HiFi-MAG-Pipeline 的工作流步骤。
• config.yaml: 配置文件，包含工作流所需的参数和设置。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件主要用于定义各个管道的参数和设置。每个管道目录下都有一个 config.yaml 文件。

示例：HiFi-MAG-Pipeline 的配置文件

# HiFi-MAG-Pipeline/config.yaml

input:
  reads: "path/to/reads.fastq"
  assembly: "path/to/assembly.fasta"

output:
  mags: "output/mags"
  summary: "output/summary.txt"

params:
  threads: 8
  memory: 16G

• input: 定义输入文件的路径。
• output: 定义输出文件的路径。
• params: 定义运行时参数，如线程数和内存大小。

通过以上配置文件，用户可以自定义工作流的输入、输出和运行参数，以适应不同的分析需求。

pb-metagenomics-tools Tools and pipelines tailored to using PacBio HiFi Reads for metagenomics 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/pb/pb-metagenomics-tools