MLST 项目教程

MLST 项目教程

mlst :id: Scan contig files against PubMLST typing schemes 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ml/mlst

1. 项目目录结构及介绍

MLST（Multi-Locus Sequence Typing）项目是一个用于扫描基因组文件以进行多基因座序列分型的工具。以下是项目的目录结构及其介绍：

mlst/
├── bin/
│   ├── mlst  # 主程序文件
│   └── ...   # 其他辅助脚本
├── db/
│   ├── scheme_species_map.tab  # 物种与分型方案映射文件
│   └── ...   # 其他数据库文件
├── perl5/
│   └── ...   # Perl 模块文件
├── scripts/
│   └── ...   # 其他脚本文件
├── test/
│   └── ...   # 测试文件
├── .gitignore
├── .travis.yml
├── CODE_OF_CONDUCT.md
├── LICENSE
├── README.md
└── ...

目录结构说明：

• bin/：包含 MLST 的主程序文件和其他辅助脚本。
• db/：包含数据库文件，如物种与分型方案的映射文件。
• perl5/：包含项目所需的 Perl 模块文件。
• scripts/：包含其他辅助脚本文件。
• test/：包含测试文件，用于验证程序的正确性。
• .gitignore：Git 忽略文件列表。
• .travis.yml：Travis CI 配置文件。
• CODE_OF_CONDUCT.md：行为准则文件。
• LICENSE：项目许可证文件。
• README.md：项目说明文件。

2. 项目的启动文件介绍

MLST 项目的主启动文件位于 bin/ 目录下，名为 mlst。该文件是一个可执行的 Perl 脚本，用于启动 MLST 工具并执行基因组文件的扫描和分型操作。

启动文件说明：

• mlst：主程序文件，负责解析命令行参数、调用相关模块并执行分型操作。

使用示例：

$ mlst contigs.fa

3. 项目的配置文件介绍

MLST 项目的配置文件主要包括以下几个部分：

3.1 .travis.yml

.travis.yml 是 Travis CI 的配置文件，用于自动化测试和持续集成。该文件定义了项目的构建和测试流程。

3.2 CODE_OF_CONDUCT.md

CODE_OF_CONDUCT.md 是项目的行为准则文件，定义了项目参与者的行为规范和社区准则。

3.3 LICENSE

LICENSE 文件定义了项目的开源许可证，通常为 GPL-2.0 许可证。

3.4 README.md

README.md 是项目的说明文件，包含了项目的概述、安装指南、使用说明和示例等内容。

3.5 db/scheme_species_map.tab

db/scheme_species_map.tab 是物种与分型方案的映射文件，定义了不同物种对应的分型方案。

配置文件示例：

$ cat db/scheme_species_map.tab
# 物种名称    分型方案名称
Staphylococcus_aureus    saureus
Escherichia_coli         ecoli
...

通过以上配置文件和启动文件，用户可以方便地安装、配置和使用 MLST 工具进行基因组分型操作。

mlst :id: Scan contig files against PubMLST typing schemes 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ml/mlst