AWS Genomics Workflows 项目教程

AWS Genomics Workflows 项目教程

aws-genomics-workflowsGenomics Workflows on AWS项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/aw/aws-genomics-workflows

1. 项目的目录结构及介绍

aws-genomics-workflows/
├── README.md
├── LICENSE
├── docs/
│   ├── architecture.md
│   ├── cost-prediction.md
│   ├── benchmarking.md
│   └── ...
├── scripts/
│   ├── launch.sh
│   ├── setup.sh
│   └── ...
├── config/
│   ├── default.yaml
│   ├── production.yaml
│   └── ...
├── workflows/
│   ├── snakemake/
│   │   ├── Snakefile
│   │   └── ...
│   ├── aws-step-functions/
│   │   ├── state-machine.json
│   │   └── ...
│   └── ...
└── tests/
    ├── test_launch.py
    ├── test_setup.py
    └── ...

目录结构介绍

• README.md: 项目的主文档，包含项目的概述、安装指南和使用说明。
• LICENSE: 项目的开源许可证文件。
• docs/: 包含项目的详细文档，如架构说明、成本预测、基准测试等。
• scripts/: 包含项目的启动脚本和设置脚本。
• config/: 包含项目的配置文件，如默认配置和生产环境配置。
• workflows/: 包含不同工作流的实现，如Snakemake工作流和AWS Step Functions工作流。
• tests/: 包含项目的测试脚本，用于自动化测试。

2. 项目的启动文件介绍

scripts/launch.sh

该脚本是项目的启动脚本，用于启动工作流。它通常会读取配置文件并根据配置启动相应的AWS服务或本地进程。

scripts/setup.sh

该脚本是项目的设置脚本，用于初始化项目环境。它通常会安装依赖项、配置AWS CLI或设置本地开发环境。

3. 项目的配置文件介绍

config/default.yaml

这是项目的默认配置文件，包含工作流的基本配置参数，如AWS区域、S3存储桶名称、EC2实例类型等。

config/production.yaml

这是项目的生产环境配置文件，通常会覆盖默认配置文件中的某些参数，以适应生产环境的需求。

总结

通过以上介绍，您可以了解AWS Genomics Workflows项目的目录结构、启动文件和配置文件的基本情况。这些内容将帮助您更好地理解和使用该项目。

aws-genomics-workflowsGenomics Workflows on AWS项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/aw/aws-genomics-workflows