V-pipe 项目安装与使用指南

V-pipe 项目安装与使用指南

V-pipe V-pipe is a pipeline designed for analysing NGS data of short viral genomes 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/vp/V-pipe

1. 项目目录结构及介绍

V-pipe 项目的目录结构如下：

V-pipe/
├── config/
│   ├── README.md
│   └── ...
├── docs/
│   ├── README.md
│   └── ...
├── resources/
│   └── ...
├── tests/
│   └── ...
├── utils/
│   ├── README.md
│   └── ...
├── workflow/
│   └── ...
├── .gitignore
├── .mega-linter.yml
├── .snakemake-workflow-catalog.yml
├── CONTRIBUTING.md
├── Dockerfile
├── LICENSE.md
├── README.md
└── init_project.sh

目录介绍

• config/: 包含项目的配置文件和相关文档。
• docs/: 包含项目的文档和教程。
• resources/: 包含项目所需的资源文件。
• tests/: 包含项目的测试文件。
• utils/: 包含项目的实用工具和脚本。
• workflow/: 包含项目的工作流文件。
• .gitignore: Git 忽略文件配置。
• .mega-linter.yml: Mega-Linter 配置文件。
• .snakemake-workflow-catalog.yml: Snakemake 工作流目录配置文件。
• CONTRIBUTING.md: 贡献指南。
• Dockerfile: Docker 构建文件。
• LICENSE.md: 项目许可证。
• README.md: 项目介绍和使用说明。
• init_project.sh: 项目初始化脚本。

2. 项目启动文件介绍

V-pipe 项目的启动文件主要是 init_project.sh 脚本。该脚本用于初始化项目并设置工作目录。

使用方法

curl -O 'https://raw.githubusercontent.com/cbg-ethz/V-pipe/master/utils/quick_install.sh'
./quick_install.sh -w work

该脚本会下载并安装 Miniconda，检出 V-pipe Git 仓库，并设置一个工作目录。工作目录中包含一个可执行脚本 vpipe，用于执行工作流。

3. 项目配置文件介绍

V-pipe 项目的配置文件主要位于 config/ 目录下。配置文件的格式为 YAML 文件。

配置文件示例

general:
  virus_base_config: hiv
output:
  snv: true
  local: true
  global: false
  visualization: true
  QA: true

配置文件说明

• general: 包含项目的通用配置，如病毒类型。
• output: 配置输出选项，如是否启用 SNV 调用、本地和全局哈希重建等。

通过编辑 config/config.yaml 文件，可以自定义项目的配置。配置完成后，可以使用 vpipe 脚本执行工作流。

V-pipe V-pipe is a pipeline designed for analysing NGS data of short viral genomes 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/vp/V-pipe