HLA-LA 项目推荐

HLA-LA 项目推荐

HLA-LA Fast HLA type inference from whole-genome data 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/hl/HLA-LA

1. 项目基础介绍和主要编程语言

HLA-LA 是一个用于从全基因组数据中快速推断 HLA 类型的开源项目。该项目主要使用 C++ 和 Perl 编程语言进行开发。C++ 用于实现核心算法和数据处理，而 Perl 则用于脚本编写和数据处理。

2. 项目的核心功能

HLA-LA 的核心功能是通过基于群体参考图的方法进行 HLA 分型。它采用了一种新的线性投影方法来将读取数据对齐到图上，从而实现更快速和资源消耗更少的 HLA 分型。与传统的 HLA-PRG 方法相比，HLA-LA 在速度和资源利用方面有显著的提升。

3. 项目最近更新的功能

• 支持 T2T 参考基因组：2023 年 7 月 19 日，项目新增了对 T2T 参考基因组（chm13v2.0.fa）的支持。
• CRAM 文件处理改进：2019 年 6 月 10 日，项目增加了对 CRAM 文件处理的支持，并提供了 --samtools_T 选项来指定参考基因组文件，以解决 samtools view 无法获取参考序列的问题。
• 通过 bioconda 安装：2019 年 2 月 24 日，项目可以通过 bioconda 进行安装，简化了安装过程。
• 实验性长读取分型模式：2018 年 3 月 21 日，项目新增了实验性的长读取分型模式，并支持 HLA 分型从基因组组装数据中进行。
• 新增 B38 参考文件：2017 年 9 月 26 日，项目新增了 B38 参考文件，并启用了更多 HLA 位点的基因分型。

通过这些更新，HLA-LA 项目不断优化和扩展其功能，以满足更广泛的应用需求。

HLA-LA Fast HLA type inference from whole-genome data 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/hl/HLA-LA