NGMLR 开源项目使用教程

NGMLR 开源项目使用教程

ngmlr NGMLR is a long-read mapper designed to align PacBio or Oxford Nanopore (standard and ultra-long) to a reference genome with a focus on reads that span structural variations 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ng/ngmlr

1. 项目的目录结构及介绍

NGMLR 项目的目录结构如下：

ngmlr/
├── bin/
│   └── ngmlr
├── docs/
│   ├── README.md
│   └── ...
├── src/
│   ├── main.cpp
│   └── ...
├── test/
│   ├── test_ngmlr.cpp
│   └── ...
├── CMakeLists.txt
├── LICENSE
└── README.md

目录结构介绍：

• bin/: 存放编译后的可执行文件 ngmlr。
• docs/: 存放项目的文档文件，包括 README.md 和其他相关文档。
• src/: 存放项目的源代码文件，其中 main.cpp 是主程序的入口文件。
• test/: 存放项目的测试代码文件，用于测试 ngmlr 的功能。
• CMakeLists.txt: 项目的 CMake 构建配置文件。
• LICENSE: 项目的开源许可证文件。
• README.md: 项目的介绍文件，通常包含项目的概述、安装和使用说明。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件是 src/main.cpp。该文件是 NGMLR 程序的入口点，负责初始化程序并调用其他模块的功能。

main.cpp 文件的主要功能：

• 解析命令行参数。
• 初始化程序配置。
• 调用核心算法模块进行序列比对。
• 输出比对结果。

3. 项目的配置文件介绍

NGMLR 项目没有传统的配置文件，其配置主要通过命令行参数进行设置。用户可以通过运行 ngmlr --help 查看所有可用的命令行参数及其说明。

常用命令行参数：

• --reference: 指定参考基因组文件的路径。
• --reads: 指定待比对的读取文件的路径。
• --output: 指定输出文件的路径。
• --threads: 指定使用的线程数。

通过这些参数，用户可以灵活配置 NGMLR 的运行环境，以满足不同的比对需求。

ngmlr NGMLR is a long-read mapper designed to align PacBio or Oxford Nanopore (standard and ultra-long) to a reference genome with a focus on reads that span structural variations 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ng/ngmlr