BIDD-MolMap 使用教程

BIDD-MolMap 使用教程

bidd-molmap MolMapNet: An Efficient ConvNet with Knowledge-based Molecular Represenations for Molecular Deep Learning 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/bi/bidd-molmap

1. 项目目录结构及介绍

BIDD-MolMap 是一个开源项目，用于分子深度学习中的分子表示。项目目录结构如下：

bidd-molmap/
├── docs/                     # 项目文档
├── molmap/                   # molmap 相关模块代码
├── paper/                    # 论文相关材料
├── misc/                     # 杂项文件
├── .gitignore                # git 忽略文件
├── README.md                 # 项目说明文件
├── LICENSE                   # 项目许可证文件
├── MANIFEST.in               # 打包时包含的文件列表
├── clean.sh                  # 清理脚本
├── make_pip_pkg.md           # 打包指南
├── requirements.txt          # 项目依赖
├── setup.py                  # 设置脚本，用于打包和安装

文件和目录说明：

• docs/: 包含项目的文档，可以使用 Sphinx 等工具生成 HTML 文档。
• molmap/: 包含项目的主要代码，包括数据预处理、模型架构、训练和测试等。
• paper/: 包含论文相关的材料，如数据集和结果。
• misc/: 包含一些杂项文件，如排行榜结果等。
• .gitignore: 指定 Git 忽略的文件和目录。
• README.md: 项目的主说明文件，介绍项目的用途、如何安装和使用。
• LICENSE: 项目的许可证信息。
• MANIFEST.in: 指定在打包时需要包含的文件和目录。
• clean.sh: 用于清理项目文件的脚本。
• make_pip_pkg.md: 提供了如何将项目打包成 pip 包的指南。
• requirements.txt: 列出了项目运行所需的依赖库。
• setup.py: 用于配置和构建项目的 Python 包。

2. 项目的启动文件介绍

在 BIDD-MolMap 项目中，没有特定的启动文件。用户通常需要通过命令行或 Python 脚本来使用项目中的模块和功能。

例如，用户可以通过以下方式使用 MolMap：

from molmap import MolMap

# 定义 MolMap 实例
mp_name = './descriptor.mp'
mp = MolMap(ftype='descriptor', fmap_type='grid', split_channels=True, metric='cosine', var_thr=1e-4)

# 拟合 MolMap
mp.fit(method='umap', verbose=2)

# 保存 MolMap
mp.save(mp_name)

# 可视化
mp.plot_scatter()
mp.plot_grid()

3. 项目的配置文件介绍

在 BIDD-MolMap 项目中，配置文件主要是 requirements.txt，它列出了项目运行所需的依赖库。以下是配置文件的一个示例：

numpy
scikit-learn
rdkit
tamp
matplotlib

这些依赖可以通过 pip 工具安装：

pip install -r requirements.txt

此外，项目还可能需要一些环境变量的配置，例如在 README.md 中提到的安装 RDKit 的步骤：

conda create -c conda-forge -n molmap rdkit python=3.7
conda activate molmap
conda install -c tmap tmap
pip install molmap

用户应当根据项目的具体需求，在运行之前配置好所有必需的环境和依赖。

bidd-molmap MolMapNet: An Efficient ConvNet with Knowledge-based Molecular Represenations for Molecular Deep Learning 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/bi/bidd-molmap