PAQUO：病理学家的Python利器

PAQUO：病理学家的Python利器

paquo PAthological QUpath Obsession - QuPath and Python conversations 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/pa/paquo

项目介绍

欢迎来到 PAQUO（PAthological QUpath Obsession）！这是一个专为病理学家和生物医学研究人员设计的Python库，旨在通过Python与QuPath进行无缝交互。QuPath是一款强大的开源软件，广泛应用于数字病理学和生物图像分析。PAQUO的目标是为Python开发者提供一个直观且高效的接口，使他们能够轻松地创建和管理QuPath项目。

项目技术分析

PAQUO的核心技术在于其能够将QuPath的复杂功能封装成Python友好的API。通过PAQUO，用户可以在Python环境中直接调用QuPath的功能，如图像处理、注释管理、区域分析等。此外，PAQUO还支持从QuPath项目中读取和写入数据，使得数据处理和分析更加灵活和高效。

项目及技术应用场景

PAQUO的应用场景非常广泛，尤其适合以下领域：

• 数字病理学：病理学家可以使用PAQUO在Python环境中进行图像分析和注释，提高工作效率。
• 生物医学研究：研究人员可以利用PAQUO进行大规模的生物图像数据处理和分析，加速研究进程。
• 医学影像分析：医学影像分析师可以通过PAQUO与QuPath的结合，进行复杂的图像处理和分析任务。

项目特点

• Pythonic接口：PAQUO提供了一个符合Python习惯的接口，使得Python开发者能够轻松上手。
• 高效的数据交互：支持从QuPath项目中读取和写入数据，使得数据处理更加高效。
• 灵活的安装方式：可以通过pip或conda轻松安装，并且支持自定义QuPath安装路径。
• 强大的社区支持：项目开源且活跃，用户可以通过GitHub提交问题和建议，获得社区的支持。

如何开始

安装

你可以通过以下命令安装PAQUO：

pip install paquo

或者通过conda安装：

conda install -c conda-forge paquo

获取QuPath

安装PAQUO后，你需要安装QuPath。你可以按照官方安装指南进行安装。PAQUO支持从0.2.0到最新版本的QuPath，并且可以通过以下命令下载特定版本的QuPath：

paquo get_qupath --install-path "/some/path/on/your/machine" 0.4.3

开发环境设置

如果你是开发者，可以通过以下步骤设置开发环境：

1. 安装conda和git。

2. 克隆PAQUO仓库：

   git clone https://github.com/bayer-science-for-a-better-life/paquo.git
   

3. 创建并激活conda环境：

   conda env create -f environment.devenv.yaml
   conda activate paquo
   

贡献指南

我们欢迎社区的贡献！请遵循以下指南：

• 遵循PEP-8编码规范，但允许120个字符的行长度。
• 使用Numpy Docstrings格式编写文档。
• 通过Pull Request提交代码。
• 测试代码应与模块一起放在tests包中，使用pytest进行测试。

致谢

PAQUO由Bayer的机器学习研究团队开发，感谢病理实验室2和机制与毒理病理学团队的支持。项目基于GPL-3.0许可证开源。

---

通过PAQUO，病理学家和研究人员可以更高效地进行数字病理学和生物图像分析，欢迎加入我们的社区，一起推动这一领域的发展！

paquo PAthological QUpath Obsession - QuPath and Python conversations 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/pa/paquo