CReM: 化学合理突变框架

CReM: 化学合理突变框架

crem CReM: chemically reasonable mutations framework 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/cr/crem

项目基础介绍

CReM（Chemically Reasonable Mutations）是一个开源的Python框架，旨在通过基于片段的方法生成化学结构。该项目使用Python编程语言开发，依赖于RDKit库进行化学信息的处理。

核心功能

CReM的主要功能包括：

• 自定义片段数据库生成：用户可以根据需要生成自己的片段数据库。
• 三种结构生成模式：MUTATE、GROW、LINK，分别用于不同的结构生成策略。
• 上下文半径设置：在替换时考虑的上下文范围。
• 片段大小替换：定义替换片段的大小和被替换片段的大小。
• 原子保护：防止特定原子在突变过程中被修改。
• 频率限制：仅替换在片段数据库中达到一定出现频率的片段。
• 随机替换：允许随机选择替换，直到指定的数量。

最近更新的功能

最近更新的功能主要包括：

• 改进了片段数据库的处理，提高了生成化学结构的效率和准确性。
• 增加了对片段选择的新过滤功能，允许用户根据特定的原子类型进行筛选。
• 对接了一些新工具和库，使得CReM更加灵活和强大。

CReM项目持续发展中，开发团队不断致力于增加新的功能和优化现有功能，以提供更加完善的化学结构生成工具。

crem CReM: chemically reasonable mutations framework 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/cr/crem