ETE: 开源树探索工具包

ETE: 开源树探索工具包

ete Python package for building, comparing, annotating, manipulating and visualising trees. It provides a comprehensive API and a collection of command line tools, including utilities to work with the NCBI taxonomy tree. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/et/ete

项目基础介绍及编程语言

ETE（环境树探索工具包）是一个专为树结构数据设计的强大Python库。此项目致力于自动化处理、分析与可视化树形结构，尤其在生物信息学领域内应用广泛。ETE采用Python编写，其设计考虑到了灵活性与高效性，使得研究者能够轻松地操作、分析并展示复杂的进化树和其他类型的数据树。

核心功能

• 全面的Newick格式支持：轻松读写进化树文件。
• 树结构操作：提供了丰富的API来遍历、搜索以及修改树结构和节点注释。
• NCBI税种数据库集成：便于进行物种分类树的操作。
• GTDB数据库支持：拓展了对基因组分类数据库的应用能力。
• 可视化工具有力：包括程序化可视化框架和基于自适应缩放的大规模树木展示。
• 树比较与分析：提供算法比较树差异，计算进化距离。
• 命令行工具：一系列实用工具，支持从树构建到比较的多个工作流程。

最近更新的功能

请注意，具体最新更新详情需要直接访问项目的GitHub页面获取确切信息，因为这里不直接提供实时更新记录。一般而言，开源项目的更新可能涉及性能优化、新算法的添加、错误修复、API调整、兼容性改进或是文档的更新。ETE持续活跃发展，因此可以预期它会不断增添新的特性以支持更复杂的数据分析需求，提升用户体验，并加强与其他科学软件的互操作性。

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本推荐基于ETE开源项目的概述，实际更新内容请参考项目官方仓库的最新提交和版本发布说明。ETE是一个对于生物信息学家及其他需要处理树状结构数据的研究人员不可或缺的工具。

ete Python package for building, comparing, annotating, manipulating and visualising trees. It provides a comprehensive API and a collection of command line tools, including utilities to work with the NCBI taxonomy tree. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/et/ete