circlator：一键环形化基因组组装

circlator：一键环形化基因组组装

circlator A tool to circularize genome assemblies 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ci/circlator

项目介绍

circlator 是一款专注于基因组组装后处理的开源工具。它能够识别并 circularize（环形化）组装后的基因组序列，输出线性化的版本。circlator 通过组装所有映射到 contig（组装片段）末端的读段，并将得到的 contigs 与输入的组装进行比对来实现这一功能。该工具对于基因组学研究具有重要意义，特别是对于那些期望获得完整环形基因组图谱的研究人员。

项目技术分析

circlator 的核心技术在于其独特的环形化处理流程。该工具首先使用 mapreads 命令将读段映射到组装的末端，然后通过 bam2reads 命令将这些映射的读段转换为可用于重新组装的格式。之后，assemble 命令使用这些读段进行组装，merge 命令将原始组装与新的组装结果合并，clean 命令去除小且完全包含在其他 contigs 中的序列，fixstart 命令调整环形序列的起始位置。此外，circlator 还提供了一系列其他命令，如 minimus2、get_dnaa 等，以支持不同的环形化需求。

circlator 的架构支持多种命令行操作，使得研究人员可以根据自己的需求灵活使用。该工具的安装和使用也相当简便，只需按照官方文档的指引即可完成。

项目技术应用场景

circlator 的应用场景广泛，主要包括以下几个方面：

1. 基因组组装后处理：在基因组组装完成后，使用 circlator 可以帮助研究人员识别并环形化完整的基因组序列，这对于研究细菌等微生物的基因组尤其重要。

2. 生物信息学研究：circlator 可以作为生物信息学研究中的一个重要工具，帮助研究人员分析基因组结构，进而探索基因功能。

3. 基因测序数据分析：在长读段测序技术日益普及的今天，circlator 可用于处理和分析这些长读段数据，以获得更精确的基因组组装结果。

4. 教学和科研培训：circlator 也是一个很好的教学工具，可以帮助学生和科研人员学习和理解基因组组装和环形化的过程。

项目特点

1. 自动化处理：circlator 提供了一系列自动化命令，使得环形化基因组组装的过程更加高效和简便。

2. 多命令支持： circlator 支持多种命令，满足不同的环形化需求，提供了极大的灵活性。

3. 兼容性强： circlator 可以与多种流行的生物信息学工具兼容，如 BWA、MUMmer、Prodigal、SAMtools 和 SPAdes 等。

4. 开源免费： circlator 是一款完全开源免费的工具，遵循 GPLv3 许可，可供研究社区自由使用和修改。

5. 文档完善： circlator 提供了详细的安装和使用文档，方便用户快速上手。

综上所述，circlator 是一款功能强大且易于使用的基因组环形化工具，适用于多种生物信息学研究场景。通过其高效的自动化处理流程，研究人员可以更加轻松地获得环形化基因组组装结果，为后续的基因功能研究提供坚实基础。 circlator 的开源属性也使得它成为科研社区中一个受欢迎的工具，期待其在基因组学领域发挥更大的作用。

circlator A tool to circularize genome assemblies 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ci/circlator