Minimap 项目常见问题解决方案

Minimap 项目常见问题解决方案

minimap This repo is DEPRECATED. Please use minimap2, the successor of minimap. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/minim/minimap

Minimap 是一个高效查找两组长序列之间多个近似映射位置的工具，适用于读取参考基因组、基因组间比对以及长噪声读取等场景。该项目主要使用 C 语言编写。

1. 项目基础介绍

Minimap 是一个实验性工具，旨在高效地找到两组长序列之间的多个近似映射位置，例如读取与参考基因组、基因组与基因组之间，以及长噪声读取之间。Minimap 默认设置为对大约 20% 分歧的 2kb 匹配具有高灵敏度，但特异性较低。Minimap 当前不生成比对结果，因此它的运行速度通常比主流比对工具快数十倍。

主要编程语言

• C 语言

2. 新手常见问题及解决方案

问题 1：如何安装 Minimap

**问题描述：**新手用户不知道如何正确安装 Minimap。

解决步骤：

1. 克隆项目仓库到本地：

   git clone https://github.com/lh3/minimap.git
   

2. 进入项目目录：

   cd minimap
   

3. 编译源代码：

   make
   

4. 编译完成后，会在项目目录下生成可执行文件 minimap。

问题 2：如何使用 Minimap 进行序列比对

**问题描述：**用户不清楚如何使用 Minimap 进行序列比对。

解决步骤：

1. 准备待比对的序列文件，格式为 FASTA 或 FASTQ 压缩文件（.fa.gz 或 .fq.gz）。
2. 使用以下命令进行比对：

   ./minimap target.fa.gz query.fa.gz > out.mini
   

   其中 target.fa.gz 是参考序列文件，query.fa.gz 是待比对序列文件，out.mini 是输出文件。

问题 3：如何构建 Minimap 索引

**问题描述：**用户需要频繁使用同一数据库，想要构建索引以提高效率。

解决步骤：

1. 使用以下命令构建索引：

   ./minimap -d target.mmi target.fa.gz
   

   其中 target.fa.gz 是参考序列文件，target.mmi 是生成的索引文件。

2. 之后，使用以下命令进行快速比对：

   ./minimap -l target.mmi query.fa.gz > out.mini
   

   其中 query.fa.gz 是待比对序列文件，out.mini 是输出文件。

通过以上步骤，新手用户可以更好地了解和使用 Minimap 项目。

minimap This repo is DEPRECATED. Please use minimap2, the successor of minimap. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/minim/minimap