Shovill：高效的细菌基因组组装工具

Shovill：高效的细菌基因组组装工具

shovill ⚡♠️ Assemble bacterial isolate genomes from Illumina paired-end reads 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/sh/shovill

项目基础介绍和主要编程语言

Shovill 是一个用于从 Illumina 双端测序数据中组装细菌分离株基因组的开源项目。该项目主要使用 Python 和 Bash 脚本编写，结合了多种生物信息学工具，旨在提供一个高效、快速的基因组组装流程。

项目核心功能

Shovill 的核心功能是通过优化和加速基因组组装过程，提供高质量的细菌基因组序列。它主要通过以下步骤实现：

1. 基因组大小估计和读长分析：自动估计基因组大小和读长，除非用户提供 --gsize 参数。
2. FASTQ 文件降采样：将 FASTQ 文件降采样到一个合理的深度（默认 --depth 100）。
3. 适配器修剪：使用 --trim 参数修剪读取中的适配器。
4. 序列错误校正：保守地校正测序读取中的错误。
5. 读取重叠：预先重叠双端读取。
6. 基因组组装：使用 SPAdes、SKESA、Megahit 等组装器进行基因组组装，并根据需要调整 k-mer 范围和 PE + 长 SE 读取。
7. 组装错误校正：通过将读取映射回 contigs 来校正组装中的小错误。
8. 过滤和输出：移除过短、覆盖率过低或纯同聚物的 contigs，并生成最终的 FASTA 文件。

项目最近更新的功能

Shovill 最近的更新主要集中在以下几个方面：

1. 支持更多组装器：除了 SPAdes，Shovill 现在还支持 SKESA、Velvet 和 Megahit，用户可以根据需要选择不同的组装器。
2. 优化组装流程：通过调整 k-mer 范围和读取处理步骤，进一步优化组装流程，提高组装速度和质量。
3. 错误校正和过滤：增加了更多的错误校正和过滤选项，使用户能够更灵活地控制组装结果的质量。
4. 容器化支持：提供了 Docker 和 Singularity 容器化支持，方便用户在不同环境中快速部署和使用 Shovill。

通过这些更新，Shovill 进一步提升了其在细菌基因组组装领域的实用性和效率，为用户提供了更加强大和灵活的工具。

shovill ⚡♠️ Assemble bacterial isolate genomes from Illumina paired-end reads 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/sh/shovill