Shovill 项目使用教程

Shovill 项目使用教程

shovill ⚡♠️ Assemble bacterial isolate genomes from Illumina paired-end reads 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/sh/shovill

1. 项目介绍

Shovill 是一个专门用于细菌和小型微生物基因组组装的管道工具。它以 SPAdes 基因组组装器为核心，但通过修改组装前后的步骤，以更快的速度获得类似的结果。Shovill 还支持其他组装器，如 SKESA、Velvet 和 Megahit，用户可以利用 Shovill 提供的预处理和后处理功能。

主要特点：

• 适用于 Illumina 双端测序数据。
• 支持多种组装器，包括 SPAdes、SKESA、Velvet 和 Megahit。
• 优化了组装流程，提高了组装速度。
• 适用于小型基因组，不适用于大型基因组或宏基因组。

2. 项目快速启动

安装 Shovill

使用 Homebrew 安装

brew install brewsci/bio/shovill
shovill --check

使用 Conda 安装

conda install -c conda-forge -c bioconda -c defaults shovill
shovill --check

使用 Docker 安装

docker pull staphb/shovill:latest
docker run staphb/shovill:latest shovill --help

快速启动示例

以下是一个简单的 Shovill 使用示例：

shovill --outdir out --R1 test/R1.fq.gz --R2 test/R2.fq.gz

该命令将生成一个名为 out 的输出目录，其中包含最终的组装结果和其他中间文件。

3. 应用案例和最佳实践

应用案例

Shovill 主要用于细菌和小型微生物的基因组组装。例如，在公共卫生领域，Shovill 可以用于快速组装病原菌的基因组，以便进行流行病学调查和病原体溯源。

最佳实践

1. 选择合适的组装器：根据数据特点选择合适的组装器，如 SPAdes 适用于大多数情况，而 Megahit 适用于需要更快速度的场景。
2. 优化参数：根据基因组大小和测序深度调整 --depth 和 --gsize 参数，以获得最佳组装结果。
3. 质量控制：在组装前进行质量控制，如去除接头和错误校正，以提高组装质量。

4. 典型生态项目

Shovill 作为一个基因组组装工具，通常与其他生物信息学工具和数据库结合使用，形成一个完整的基因组分析流程。以下是一些典型的生态项目：

1. SPAdes：Shovill 的核心组装器，提供了强大的基因组组装功能。
2. MEGAHIT：另一个常用的基因组组装工具，适用于大型基因组和宏基因组。
3. Pilon：用于基因组组装后的错误校正，提高组装质量。
4. Trimmomatic：用于测序数据的质量控制，去除低质量的 reads 和接头序列。

通过这些工具的结合使用，可以构建一个高效、准确的基因组分析流程，适用于各种生物信息学研究。

shovill ⚡♠️ Assemble bacterial isolate genomes from Illumina paired-end reads 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/sh/shovill