gRNAde 项目使用文档

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geometric-rna-design gRNAde: Geometric Deep Learning for RNA Design 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ge/geometric-rna-design

1. 项目目录结构及介绍

gRNAde 项目的目录结构如下：

├── README.md
├── LICENSE
├── gRNAde.py
├── main.py
├── .env.example
├── .env
├── checkpoints
├── configs
├── data
├── notebooks
├── tutorial
├── tools
│   ├── draw_rna
│   ├── EternaFold
│   ├── RhoFold
│   ├── ribonanzanet
│   └── x3dna-v2.4
└── src
    ├── constants.py
    ├── evaluator.py
    ├── layers.py
    ├── models.py
    ├── trainer.py
    └── data
        ├── clustering_utils.py
        ├── data_utils.py
        ├── dataset.py
        ├── featurizer.py
        └── sec_struct_utils.py

目录结构介绍

• README.md: 项目介绍文件，包含项目的基本信息和使用说明。
• LICENSE: 项目的开源许可证文件。
• gRNAde.py: gRNAde 项目的主模块文件，包含主要的 Python 代码和命令行工具。
• main.py: 项目的主脚本文件，用于训练和评估模型。
• .env.example: 环境变量配置文件的示例。
• .env: 用户自定义的环境变量配置文件。
• checkpoints: 保存模型检查点的目录。
• configs: 配置文件目录，包含模型的配置文件。
• data: 数据集和数据文件目录。
• notebooks: Jupyter Notebook 文件目录，包含用于数据分析和模型训练的 Notebook。
• tutorial: 教程目录，包含示例使用教程。
• tools: 外部工具目录，包含用于 RNA 结构分析和预测的工具。
• src: 源代码目录，包含项目的核心代码。

2. 项目启动文件介绍

main.py

main.py 是 gRNAde 项目的主启动文件，用于训练和评估模型。该文件主要包含以下功能：

• 模型训练: 通过调用 trainer.py 中的训练循环来训练模型。
• 模型评估: 通过调用 evaluator.py 中的评估循环来评估模型的性能。
• 配置加载: 从 configs 目录中加载模型的配置文件。

gRNAde.py

gRNAde.py 是 gRNAde 项目的主模块文件，包含主要的 Python 代码和命令行工具。该文件主要用于：

• 模型推理: 通过命令行工具进行模型推理。
• 数据处理: 处理输入数据并生成模型所需的特征。
• 结果输出: 输出模型的推理结果。

3. 项目的配置文件介绍

.env.example

.env.example 是环境变量配置文件的示例，用户可以根据该示例创建自己的 .env 文件。该文件包含以下内容：

• 数据路径: 指定数据文件的存储路径。
• 模型路径: 指定模型检查点的存储路径。
• 日志路径: 指定日志文件的存储路径。

.env

.env 是用户自定义的环境变量配置文件，用户可以根据自己的需求修改该文件中的配置项。该文件的内容与 .env.example 类似，但用户可以根据实际情况进行调整。

configs 目录

configs 目录包含模型的配置文件，每个配置文件对应一个特定的模型训练或评估任务。配置文件中包含以下内容：

• 模型参数: 指定模型的超参数，如学习率、批量大小等。
• 数据参数: 指定数据处理的相关参数，如数据路径、数据预处理方法等。
• 训练参数: 指定训练过程的相关参数，如训练轮数、验证频率等。

通过修改配置文件，用户可以自定义模型的训练和评估过程。

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