TGS-GapCloser 项目教程-优快云博客

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TGS-GapCloser 项目教程

TGS-GapCloser A gap-closing software tool that uses long reads to enhance genome assembly. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/tg/TGS-GapCloser

1. 项目目录结构及介绍

TGS-GapCloser 项目的目录结构如下：

TGS-GapCloser/
├── algorithm/
├── appcommon/
├── biocommon/
├── common/
├── discards/
├── example/
├── main_src_ont/
├── main_src_tool/
├── minimap2/
├── orientation_corrector/
├── test/
├── .gitignore
├── .gitmodules
├── LICENSE
├── Makefile
├── README.md
└── tgsgapcloser

目录介绍：

algorithm/: 包含项目中使用的算法相关代码。
appcommon/: 包含应用程序的通用代码。
biocommon/: 包含生物信息学相关的通用代码。
common/: 包含项目中使用的通用代码。
discards/: 包含被丢弃或废弃的代码。
example/: 包含项目的示例代码和数据。
main_src_ont/: 包含用于 Oxford Nanopore 数据的主要源代码。
main_src_tool/: 包含工具的主要源代码。
minimap2/: 包含 minimap2 的代码，用于序列比对。
orientation_corrector/: 包含用于序列方向校正的代码。
test/: 包含项目的测试代码。
.gitignore: Git 忽略文件配置。
.gitmodules: Git 子模块配置。
LICENSE: 项目许可证文件。
Makefile: 项目的编译配置文件。
README.md: 项目的介绍和使用说明。
tgsgapcloser: 项目的主要可执行文件。

2. 项目启动文件介绍

项目的启动文件是 tgsgapcloser，这是一个可执行文件，用于启动 TGS-GapCloser 工具。该文件位于项目根目录下。

使用方法：

./tgsgapcloser --scaff <draft scaffolds> --reads <TGS reads> --output <output prefix> [options]

参数说明：

--scaff <draft scaffolds>: 输入的草稿支架文件。
--reads <TGS reads>: 输入的 TGS 读取文件。
--output <output prefix>: 输出文件的前缀。
[options]: 其他可选参数，如错误校正模块、线程数等。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件主要是 Makefile，它位于项目根目录下。Makefile 文件用于配置项目的编译过程。

Makefile 内容示例：

# 编译目标
all: tgsgapcloser

# 编译 tgsgapcloser
tgsgapcloser: main_src_ont/main.cpp
    g++ -o tgsgapcloser main_src_ont/main.cpp

# 清理编译文件
clean:
    rm -f tgsgapcloser