EasyMetagenome 宏基因组分析流程快速指南

EasyMetagenome 宏基因组分析流程快速指南

项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ea/EasyMetagenome

1. 项目目录结构及介绍

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├── 01PPT                   # PowerPoint演示文稿
├── binning                 # 分箱相关脚本
├── cancer                  # 关于癌症研究的文件
├── history                 # 历史记录文件夹
├── makefile                # Makefile构建文件
├── result                  # 结果输出目录
│   ├── result12            # 特定结果子目录
├── seq                     # 序列处理文件
├── temp                    # 临时文件夹
├── .gitignore              # Git忽略文件列表
├── 0Install.sh             # 主要软件和数据库安装脚本
├── 1Pipeline.sh            # 分析管道脚本
├── 2StatPlot.sh            # 统计绘图脚本
├── 2StatPlot_mac.sh        # macOS上的统计绘图脚本
├── 3Init.sh                # 初始化设置脚本
├── EasyMetagenome.Rproj    # R项目文件
├── LICENSE                 # 许可证文件
└── README.md               # 项目说明文件

上述目录结构中，0Install.sh用于安装必要的软件和数据库，1Pipeline.sh执行宏基因组分析，2StatPlot.sh和2StatPlot_mac.sh生成统计图形，而3Init.sh则进行初始化设置。其他文件夹如result存储分析结果，seq包含序列相关的文件。

2. 项目的启动文件介绍

0Install.sh

运行该脚本以安装所需的所有软件和数据库。建议在新环境中执行，确保所有依赖项正确安装。可根据实际情况调整脚本中的软件版本或数据库路径。

1Pipeline.sh

这是主分析管道脚本，它从输入的宏基因组序列数据开始，执行质量控制、比对、分类和功能注释等一系列步骤。通过修改脚本参数，可以定制分析流程。

2StatPlot.sh 和 2StatPlot_mac.sh

这两个脚本分别在Linux和macOS环境下生成统计图表，帮助用户可视化分析结果。根据操作系统选择相应的脚本运行。

3Init.sh

初始化脚本用于配置环境变量和创建所需的目录结构。在正式运行分析之前，应先运行此脚本来设置工作环境。

3. 项目的配置文件介绍

项目主要依赖于bash shell脚本来配置和执行任务，而非传统的配置文件。0Install.sh中包含了软件安装的配置，例如路径和版本，可以根据需要进行编辑。另外，1Pipeline.sh和关联的绘图脚本可能包含内部的参数设置，如比对器的选项或绘图软件的参数，这些可以通过直接修改脚本来调整。

重要提示: 在实际操作前，强烈建议阅读项目文档（README.md）以获取更详细的说明和最佳实践，以及了解如何根据自己的需求自定义这些脚本。

请注意，由于这是一个不断发展的开源项目，最新的更改和增强可能会在项目仓库中找到。定期检查更新以利用最新的特性。

EasyMetagenome Easy Metagenome Pipeline 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ea/EasyMetagenome