记一次艰难的部署PI(Protocol Informatics)项目的过程

项目地址

https://github.com/bitpeach/Protocol-Informatics/tree/master?tab=readme-ov-file
项目的具体介绍以及涉及到的论文原文都可以在该地址下载。本文主要讲一讲对PI-0.02-beta进行部署时，配置相关依赖的具体步骤及期间遇到问题的解决方案。叙述未必详细，但尽可能还原自己当时配置的情形。

详细步骤

运行环境

Ubuntu22.04，conda的虚拟环境使用的python版本为2.7.18。

依赖模块的安装

在终端里按照仓库里的用法说明输入对应的命令运行main.py文件，根据提示安装缺少的包，在国内用清华源会快一点。其中nltk包使用3.3版本，这是尝试了好几个版本后才发现可以安装成功的。当前环境下pip过的所有包及其版本如下图所示：

align包的编译生成

好了，好不容易把缺少的依赖装的七七八八了，接下来是重头戏：快把我折腾崩溃的import align。

python自己也有一个align模块，但由于旧版本(1.0.0)的项目文件夹下有名为align.so和align.pyx的两个文件，猜测这里用到的显然不是python库里的align模块，而是项目作者自己用其他语言编写的模块，需要编译后才能被python程序import使用。而新版本，即2.0.0版本缺少了align.so这个文件，导致程序无法使用align模块内中的方法。

尝试第一次

好了，问题找到了，只要有这个.so文件是不是问题就解决了，于是我把1.0.0版本项目下的那个文件搬过去，结果却不行，原因是编译的平台不同，1.0.0版本下的align.so文件应该是在Windows环境下编译生成的，而我自己用的是linux环境。好了，这条移花接木的路断了。

尝试第二次

好了那就去编译呗，目的就是要通过.pyx文件得到.so文件呗。于是根据makefile文件的提示尝试运行了一下python setup.py install，结果说找不到align.c文件，此时心态快崩了，整了半天结果你文件没给全，合着白忙活了。

尝试第三次

就在将弃未弃之时决定再最后挣扎一下，打开了setup.py瞅瞅里面具体长得啥样，看不太懂，但找到一个关键部分：异常捕获里有一个变量pyrex_suffix，对它的赋值有两个分支，一个赋值为".c"，一个赋值为".pyx"，猜测这个变量如果为".pyx"是不是就不用align.c文件而只要有align.pyx就行了。那么关键点就在这个异常捕获当中，这段代码首先尝试导入Pyrex.Distutils模块，如果导入失败，则将pyrex_suffix设置为".c"。如果导入成功，则不执行except代码块，而是执行else代码块中的内容。

from distutils.