26、生命科学中的云计算应用

生命科学中的云计算应用

1. 引言

截至2021年，有大量的倡议和项目支持生命科学领域利用云基础设施。下面介绍四个具有代表性的欧洲基础设施，它们将云技术应用于解决生命科学问题。
- EGI
- Helix Nebula
- EOSC
- ELIXIR

选择这四个例子是因为它们在为生命科学社区提供基础设施和服务方面做出了重大努力，且多年来一直活跃，扎根于生命科学社区并得到其支持，有望在未来持续发展，具有可持续性。

2. EGI中的生命科学应用

2.1 结构生物学支持

EGI支持结构生物学等生命科学领域。由于EGI起源于网格计算，其如今提供的基础设施仍是网格和云资源的混合体。早期，科学家使用网格计算资源进行生命科学应用时，常需为计算环境提供特定研究任务所需的软件和工具，如对接软件或生物分子模拟程序。而EGI提供在线门户，使科学家能使用高通量计算和在线存储服务，以及广泛使用的软件。目前，七个EGI数据中心已为研究合作总共提供了约7500万小时的计算时间和超过50 TB的存储容量。

2.2 MoBrain合作项目

社区的MoBrain合作正在为全球生命科学家开发在线门户，依赖EGI联盟提供的高通量计算和在线存储服务。由EGI资源支持的MoBrain门户包括：HADDOCK、DisVis、AMBER、CS - Rosetta、FANTEN和Power - Fit。例如，高模糊驱动的蛋白质 - 蛋白质对接（HADDOCK）到目前为止已处理了来自1万多名科学家的19.8万多次提交，相当于每年向EGI资源提交800万个HTC计算作业。

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