在 Ubuntu 20.04 上安装 Singularity 的完整步骤

前提条件

  1. 拥有一个具有 sudo 权限的用户。
  2. 网络环境允许正常访问互联网,或者可以使用离线文件。

步骤 1:更新系统并安装依赖

  1. 更新系统:

    sudo apt update && sudo apt upgrade -y
  2. 安装必要的依赖:

    sudo apt install -y build-essential uuid-dev libseccomp-dev libgpgme-dev squashfs-tools \
        libseccomp2 wget pkg-config git cryptsetup curl
    

 

步骤 2:安装 Go

Singularity 需要 Go 语言(版本 >= 1.18)。按照以下步骤安装:

方法 1:在线安装
  1. 下载 Go 的最新版本:
    wget https://go.dev/dl/go1.20.7.linux-amd64.tar.gz
  2. 解压并安装:

    sudo tar -C /usr/local -xzf go1.20.7.linux-amd64.tar.gz
  3. 配置环境变量:

    echo 'export PATH=$PATH:/usr/local/go
### Singularity 安装常见问题及解决方案 #### 1. 依赖项缺失 在安装 Singularity 的过程中,可能会遇到依赖项缺失的问题。这通常是因为系统缺少必要的开发库或工具。解决这个问题的步骤包括: - 确保系统已安装基本的开发工具和库,例如 `gcc`、`make` 和 `libssl-dev` 等。 - 对于基于 Debian/Ubuntu 的系统,可以使用以下命令安装这些依赖项: ```bash sudo apt-get update sudo apt-get install -y build-essential libssl-dev ``` - 对于基于 Red Hat/CentOS 的系统,可以使用以下命令安装相应的依赖项: ```bash sudo yum groupinstall "Development Tools" sudo yum install -y openssl-devel ``` #### 2. 验证 Singularity 版本 安装完成后,可以通过以下命令验证 Singularity 的版本,确保安装成功: ```bash singularity --version ``` 输出应该类似于: ``` singularity version 3.7.2 ``` #### 3. 创建新的 Conda 环境 如果在安装过程中遇到与当前环境中的软件包冲突的问题,建议创建一个新的 Conda 环境,并在该环境中安装 Singularity。这样可以避免与其他软件包的冲突。创建新环境的命令如下: ```bash conda create -n singularity_env conda activate singularity_env conda install -c conda-forge singularity ``` #### 4. 下载并编译源码 对于更复杂的安装需求,可能需要从源代码编译 Singularity。以下是下载和编译的基本步骤: - 确保系统支持 Go 语言环境,因为 Singularity 是用 Go 编写的。 - 下载 Singularity 的源代码包,例如 `singularity-ce-4.1.0`。 - 解压并进入源代码目录,然后运行编译命令: ```bash ./mconfig cd builddir make sudo make install ``` #### 5. 检查操作系统信息 在安装过程中,检查操作系统的详细信息是非常重要的,因为它可以帮助确定兼容性和所需的依赖项。可以使用以下命令查看操作系统的详细信息: ```bash lsb_release -a ``` 输出应包含操作系统的发行版信息,例如: ``` LSB Version: :core-4.1-amd64:core-4.1-noarch Distributor ID: CentOS Description: CentOS Linux release 7.9.2009 (Core) Release: 7.9.2009 Codename: Core ```
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