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原创 实现TwoSampleMR项目过程(1)染色体位置转为SNPID代码
找到的代码都需要.csv数据类型,现将从GWAS各种数据库的得到的数据从tsv变成csv,但是网上在线转换的不行,数据太大了,容易崩了,我是先变成excel然后再变成.csv。而且用这个代码还需要知道你需要的那个数据暴露的ID号,这个ieu-a-2就是bmi的暴露ID号,查了一下没查到这个暴露ID在哪获取,所以最终所以决定用本地的数据。(6)导入数据的过程中,需要针对自己的数据进行改名,可以先输入数据名看一下自己的数据是什么名字,然后将对应变量名改成MungeSumstats包中使用的变量,
2025-04-15 12:15:15
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原创 孟德尔随机化工具包-TwoSampleMR包安装过程中遇到的问题及解决
解决这个我做了两个步骤,不知道是因为哪个原因,第一将project建在跟R,Rstudio不同的文件夹下,第二重建了一下project和里面的.R文件,我个人觉得是因为.R文件第一次没建好,才会报这个错误。原因:需要将鼠标光标放在需要运行的哪一行,比如我现在需要运行第一行,但是光标却在第2行,那么点击Run就会造成输出空白行。(1)在输入install.packages('devtools')后,点击Run却没反应,然后查了文献,想要通过打开GitHub来进行下载,发现打不开网站,就又查找了一下,
2025-04-12 10:16:10
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原创 Java问题集合
(这两句环境变量添加修改的位置,可以在上面的用户环境变量里,也可以写在下面的系统环境变量里,虽然我看教程都是卸载系统环境变量里的,但我写在用户环境变量里了,其实都可以,只不过是如果后面要更改用户,那就用不了了,不过自己的电脑,一般都是一个用户吧.)根据网上的教程,从官网上下载jdk,但是↓↓在这个页面跟丢了,才发现,他们下载的java SE8,需要往下翻,而不是这里的安装包下载。(我中途遇到过,输入chinese不弹出任何东西的情况,但反正就是这两步骤,需要耐心等待弹出框,就可以了。<----这个是卸载。
2024-05-08 22:45:29
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原创 hadoop遇到的bug整合
原因环境变量配置错误,导致基本功能命令无法使用,从xshell中输入vi /root/.bash_profile,显示查不到vi命令,输入export PATH=/usr/bin:/usr/sbin:/bin:/sbin:/usr/X11R6/bin。(5)启动hadoop时,显示slave1: bash: /opt/hadoop/sbin/hadoop-daemon.sh: 没有那个文件或目录 slave2: bash: 第 0 行:cd: /opt/hadoop: 没有那个文件或目录。
2024-04-08 11:56:13
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原创 使用linux中的问题
下载banner ,就可以下载出来了,并且可以使用banner软件包的功能了。(2)下载banner,显示没有可用软件包banner。(1)想切换目录,但是目录是中文,无法输入拼音。添加了中文拼音后,可以使用了。下载epel源,然后再(
2024-03-21 16:27:13
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原创 虚拟机安装遇到的 bug
(4)在更新系统软件时,中间有一行 selinux中permissive无意义(类似意思,忘记截图了)(1)按步骤安装虚拟机后,连接Xshell,(查看自己电脑VM......8的IP地址)显示连接失败。然后ping成功,(我用slave1去连接的master和slave2,显示0%即为连接成功)可能是因为更改完设置为宽容模式后,我没有重启,按着↑↑就解决了。(可能原因,打错了↓↓↓),(或者修改成功后没有重启网络)ip addr(ens33中,显示inet了,解决问题)使用的方法一,解决问题。
2024-03-21 11:09:08
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空空如也
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