跑通EGNN的demo程序

开始学EGNN的时候打算拿github上面的代码直接下载下来跑
github：vgsatorras/egnn
自己没有好的GPU所以在AutoDL上租了一个服务器
虽然是很简单的代码还是尝试了很久才成功跑通。
原来的代码可能是因为比较老的缘故，所以有一些问题。
在这里主要进行一个如何在python3.12版本下跑通3个数据集所需要进行的修改

QM9数据集

遇到的问题主要是QM9数据集下载
直接运行代码可能会报错出现原网页403的情况
所以有两种解决办法：

1.在AutoDL上部署agent

但是仍然出现了以上报错，无解，但是后来我检查文件夹时发现确实下载了，可能是代理的网也不太稳定的缘故。
但是这个部署的功能还是可以学习一下

2.手动下载数据集上传

因为一开始不知道数据集默认存放地址，所以翻了一下代码。

（1）文件修改

在…\egnn\qm9\args.py(…代表存放文件夹的位置)里面找到datadir的默认地址：

当然也可以通过命令行指定存放位置。
然后进入：
…\egnn\qm9\data\prepare\qm9.py
在原代码的基础上进行一些修改

在这里能找到数据集下载地址，以及一些必要文件（txt）的下载。

（2）数据集下载和传输

在上面图片列出的链接中下载数据（需要magic）
然后将数据集上传到datadir指定的文件夹
数据的传输推荐：FileZilla
然后就能成功运行代码了

一些小bug：
运行时可能报错，有一处因为原代码numpy版本过低，跟我自己的版本不兼容了，需要做一些修改

按照报错修改即可。
因为程序中有些部分存在clean-up，所以在运行时会删除上面两个txt数据文件，当发现数据文件夹里面没有这两个文件的时候需要重新上传。

nbody数据集

因为是纯小白所以对数据集不太了解。发现这个数据集实际如下：

nbody数据来源：通过计算机模拟生成，依据多体动力学的物理原理，模拟多个物体在相互作用力（如引力、电磁力等）下的运动。

数据内容：记录每个物体在不同时间步长下的位置、速度、加速度等状态信息，还可能包含物体的质量、电荷等属性 ，以及物体之间的连接关系（边）等。

所以首先要运行…/egnn-main/n_body_system/dataset/generate_dataset.py去生成数据。
然后再运行nbody_main.py即可

ae

主要问题是需要对代码做一些修改，原来的代码不知道为什么，应该是在子图划分处理上有一些小问题。对…/egnn-main/ae_datasets/d_creator.py进行修改后运行main_ae.py即可。
修改如图：