poj 1080 Human Gene Functions

最新推荐文章于 2021-01-12 21:21:39 发布

原创最新推荐文章于 2021-01-12 21:21:39 发布 · 517 阅读

0 ·

CC 4.0 BY-SA版权

文章标签：

#好题

背包序列棋盘划分区间DP 专栏收录该内容

16 篇文章

订阅专栏

本文介绍了一种基于动态规划的DNA序列比对算法，并通过C++代码详细展示了如何实现该算法。该算法通过计算两个DNA序列之间的匹配得分来评估它们的相似度，适用于生物信息学研究中的序列比对任务。

#include<stdio.h>
#include<string.h>
#include<algorithm>
using namespace std;
int dp[150][105],match[150][105];
char s1[500010],s2[500010];
void Init()
{
    match['A']['A']=match['C']['C']=match['G']['G']=match['T']['T']=5;
    match['A']['C']=match['C']['A']=match['A']['T']=match['T']['A']=-1;
    match[' ']['T']=match['T'][' ']=-1;
    match['A']['G']=match['G']['A']=match['C']['T']=match['T']['C']=-2;
    match['G']['T']=match['T']['G']=match['G'][' ']=match[' ']['G']=-2;
    match['A'][' ']=match[' ']['A']=match['C']['G']=match['G']['C']=-3;
    match['C'][' ']=match[' ']['C']=-4;
}
int main()
{
   int t,n,m,i,j,k;
   while(scanf("%d",&t)!=EOF)
   {
   	   Init();
   	   while(t--)
   	   {
  	   	  scanf("%d",&n);scanf("%s",s1+1);
  	   	  scanf("%d",&m);scanf("%s",s2+1);
  	   	  memset(dp,0,sizeof(dp));
  	   	  for(i=1;i<=n;i++) dp[i][0]=dp[i-1][0]+match[s1[i]][' '];
  	   	  for(i=1;i<=m;i++) dp[0][i]=dp[0][i-1]+match[' '][s2[i]];
  	   	  for(i=1;i<=n;i++)
  	   	  {
  	   	  	for(j=1;j<=m;j++)
  	   	  	{
	  	   	        dp[i][j]=max(dp[i-1][j]+match[s1[i]][' '],dp[i][j-1]+match[' '][s2[j]]);
					dp[i][j]=max(dp[i][j],dp[i-1][j-1]+match[s1[i]][s2[j]]); 	
  	   	    }
  	   	  }
  	   	  printf("%d\n",dp[n][m]);
  	   }  	   
   }return 0;
}