生信学习—Biostar课程3、4安装使用Entrez Direct和SRA toolkit

前言

今天学习的是Biostar 课程3,4

做生物信息需要频繁使用NCBI数据库，当数据增多的时候，可以使用ncbi自带的工具软件：blast+，Edirect，SRA toolkit。
blast+是NCBI最重要的功能，用来找同源基因序列。
Edirect包含一大堆工具，主要用来检索NCBI各个数据库的内容。
SRA toolkit主要用来处理NCBI SRA数据库的数据，包括数据下载以及格式转换等。

Biostar 课程3,4里介绍了Entrez Direct和SRA toolkit的安装和使用。

Biostar 课程3

Entrez Direct，简称EDirect，这个工具可以帮助查找、检索和处理Pubmed数据。

两个参考文档：
EDirect官方文档
Entrez介绍 这是一个比较全的中文的关于Edirect安装和功能的介绍。

EDirect安装

我在按照Biostar程里面的指导安装时，遇到一个问题，核心工具xtract（把XML格式的数据转换成纯文本格式）没有安装好。我按照下面的提示，在EDirect文件夹里执行这些命令之后，就正常了。