cigarrrr的博客

Recurrent Events生存分析中常研究单个终点事件的情况，如死亡；但是实际中许多慢性病会出现复发的状况，这也就意味着对于个体会多次发生events，此时我们称之为重复事件（recurrent events)。一般研究重复事件会将其视为计数过程或更新过程，对其均值，强度等进行研究。计数过程基于时间发生数量，更新过程基于等待时间。对计数过程的研究主要分为两种：泊松过程和非泊松过程，本文主要考虑泊松过程。泊松过程泊松过程有两种定义：不相交的时间间隔内，counts相互独立（或者说，[t,t

Extended Cox Modelextended cox model 是针对部分协变量不满足PHA的情况，在模型中增加那些协变量与时间的interaction项，从而可以考虑了协变量随时间变化的情况。下面要考虑的是sex不满足PHA时。library(survival)anderson=read.table(choose.files(),col.names=c('time','censor','sx','logWBC','trt'))attach(anderson)anderson2=sur

协变量选择Stepwise approach这里只介绍基于AIC的stepwise方法，还有基于p值的方法，太繁琐了，还不如用AIC，所以不做赘述。library(survival)library(MASS)#stepAIC函数在该包中Rossi=read.table(choose.files(),header=TRUE)#rossi是txt文件，header识别第一行为变量attach(Rossi)S=Surv(week,arrest)Scope=list(upper=~fin+age

Assess the appropriateness of PHA数据说明使用R自带数据集ovarian。检查age是否满足proportional hazards assumption。graphical methodsexpected vs. observed即上一篇中提到的画图方法，若两条线很接近则认为满足PHA，否则可以考虑不满足。很明显不满足log-log plotage是连续性变量，所以如果要检查需要对其分组，一般分两组，以均值为界限attach(ovarian)str(ov

题目数据内容Using the data on the ocurrence of AIDS or death in HIV positive patients, from the AIDS clinical trials group.变量介绍The columns in this dataset are(only introduce the variables that are used here):time: time to AIDS or death(days)censor: censor

题目使用R自带数据集veteran进行操作，是被诊断有肺癌的老兵生存数据。载入数据集library（survival）library（survminer)data()#列出已载入的包的所有数据集data(package=.packages(all.available=TRUE))#列出已安装的包的所有数据集可以从弹出的窗口中看到veteran数据集已经在里面str(veteran)#显示veteran的数据基本信息'data.frame': 137 obs. of 8 variabl

题目Data contains drug users who have been given residential treatment for drug abuse. Consider only four columns：age, time, treat, censor. Treat and censor are indicators.The main task is all about plot the KM estimator and test between several groups. He