01_08.盒子box模型

本文详细解析了HTML页面中div元素应用CSS样式后的宽度和高度计算方式,包括边框、内边距等属性如何影响实际尺寸。
<DOCTYPE HTML>
<html>
	<head>
		<meta http-equiv="content-type" content="text/html;charset=utf-8" />
		<link rel="stylesheet" type="text/css" href="style/01_08_box.css">
	</head>
	<body>
		<div id="b1">box</div>
		box实际宽:150px + 20px + 40px + 21px + 41px.<br />
		box实际高:100px + 10px + 30px + 11px + 31px.
	</body>
</html>
#b1{
	width: 150px;
	height: 100px;
	background:white;
	border:solid green;
	border-width: 10px 20px 30px 40px;
	padding:11px 21px 31px 41px;
}


`gmx_mpi solvate` 是 GROMACS 分子动力学模拟软件包中的一个命令行工具,用于将溶剂分子添加到现有的系统结构文件中。下面是对您提供的命令的具体解释: ### 命令解析 ```bash gmx_mpi solvate -cp BSLA_box_M_O.gro -cs spc216.gro -maxsol 1133 -p BSLA_M_O.top -o BSLA_box_M_O_water.gro ``` #### 参数说明: - `-cp BSLA_box_M_O.gro`: 指定输入的拓扑盒坐标文件 (`BSLA_box_M_O.gro`),这是你要填充水分子的空间。 - `-cs spc216.gro`: 指定溶剂模型文件 (`spc216.gro`),通常是一个包含单个水分子或其他溶剂分子的小 `.gro` 文件。 - `-maxsol 1133`: 设置最大允许加入的溶剂数量为 `1133` 个。这个参数可以限制最终体系中的溶剂分子总数。 - `-p BSLA_M_O.top`: 指定拓扑文件 (`BSLA_box_M_O.top`),该文件包含了系统的原子类型、键合信息等必要描述。 - `-o BSLA_box_M_O_water.gro`: 输出结果保存至新生成的坐标文件 (`BSLA_box_M_O_water.gro`) 中,此文件将在原基础上增加了指定数量的溶剂分子。 ### 功能总结 这条命令的作用是在给定的盒子空间内(由 `BSLA_box_M_O.gro` 定义),按照 SPC/E 或 TIP4P 等标准水模型(这里用的是简单的SPC模型 `spc216.gro`),最多填入 1133 个水分子,并更新相应的拓扑文件,最后将含有水分子的新构型输出成一个新的 `.gro` 格式文件供后续操作或仿真使用。 ### 注意事项 1. **确保盒子足够大**:你需要确认初始构建的空蛋白质/配体复合物所在的周期性边界条件下的立方体或长方体体积是否足以容纳预期数目的水分子而不会造成过度拥挤。 2. **检查溶剂化效果**:运行完上述指令之后建议通过可视化工具如 VMD 来直观检验是否有足够的间隙留给离子溶解以及避免非物理接触的发生。 3. **调整粒子数目**:如果发现水量不合适,可以通过改变 `-maxsol` 后面跟的数量值来回调整个过程直到满意为止;也可以考虑直接省略这一选项让程序自动计算合理的加水量。 ---
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