关于单CPU,多CPU上的原子操作

Bulk / Smart-seq2数据分析一般流程 Bulk RNA-seq(RNA-Seq of bulk samples)是一种RNA-Seq技术应用,它是通过将整个组织或细胞群体的RNA提取并混合,进行高通量测序来分析基因表达的技术。转录本定量结果可以用于后续的差异表达分析和聚类分析。功能注释和富集分析:对差异表达基因进行功能注释和富集分析,以帮助理解差异表达基因的功能和调控网络,从而获得对研究样品的更深入的理解。数据可视化:最后,将聚类分析的结果进行可视化,可以使用常见的数据可视化工具,如ggplot2、Plotly等,来帮助用户更好地理解数据。 阅读详情

比如test_and_set一个变量(是个单指令操作),在单CPU下是安全的,在CPU切换时,要么这个指令已经结束,要么还没开始执行。但是对于多CPU,有可能多个CPU都对一个变量做set,并成功。spinlock锁总线就是为了保证,多个cpu不能同时操作一块内存。 mutex的锁在做锁判断的时候,也会去锁一次总线;只是后面的处理逻辑与mutex不同。 逻辑上,所有原子操作都显式使用或隐含使用了一个锁总线操作。例如:x86 指令 'cmpxchg' 中就隐含了锁总线操作。 参见 http://baiy.cn/doc/cpp/advanced_topic_about_multicore_and_threading.htm


转载自:http://software.intel.com/zh-cn/blogs/2010/01/14/cpucpu/?cid=sw:prccsdn956


所谓原子操作,就是"不可中断的一个或一系列操作" 。

硬件级的原子操作:
在单处理器系统(UniProcessor)中,能够在单条指令中完成的操作都可以认为是" 原子操作",因为中断只能发生于指令之间。这也是某些CPU指令系统中引入了test_and_set、test_and_clear等指令用于临界资源互斥的原因。

在对称多处理器(Symmetric Multi-Processor)结构中就不同了,由于系统中有多个处理器在独立地运行,即使能在单条指令中完成的操作也有可能受到干扰。

在x86 平台上,CPU提供了在指令执行期间对总线加锁的手段。CPU芯片上有一条引线#HLOCK pin,如果汇编语言的程序中在一条指令前面加上前缀"LOCK",经过汇编以后的机器代码就使CPU在执行这条指令的时候把#HLOCK pin的电位拉低,持续到这条指令结束时放开,从而把总线锁住,这样同一总线上别的CPU就暂时不能通过总线访问内存了,保证了这条指令在多处理器环境中的原子性。
软件级的原子操作:
软件级的原子操作实现依赖于硬件原子操作的支持。
对于linux而言,内核提供了两组原子操作接口:一组是针对整数进行操作;另一组是针对单独的位进行操作。
2.1. 原子整数操作
针对整数的原子操作只能对atomic_t类型的数据处理。这里没有使用C语言的int类型,主要是因为:

1) 让原子函数只接受atomic_t类型操作数,可以确保原子操作只与这种特殊类型数据一起使用

2) 使用atomic_t类型确保编译器不对相应的值进行访问优化

3) 使用atomic_t类型可以屏蔽不同体系结构上的数据类型的差异。尽管Linux支持的所有机器上的整型数据都是32位,但是使用atomic_t的代码只能将该类型的数据当作24位来使用。这个限制完全是因为在SPARC体系结构上,原子操作的实现不同于其它体系结构:32位int类型的低8位嵌入了一个锁,因为SPARC体系结构对原子操作缺乏指令级的支持,所以只能利用该锁来避免对原子类型数据的并发访问。

原子整数操作最常见的用途就是实现计数器。原子整数操作列表在中定义。原子操作通常是内敛函数,往往通过内嵌汇编指令来实现。如果某个函数本来就是原子的,那么它往往会被定义成一个宏。

在编写内核时,操作也简单:

atomic_t use_cnt;

atomic_set(&use_cnt, 2);

atomic_add(4, &use_cnt);

atomic_inc(use_cnt);

2.2. 原子性与顺序性

原子性确保指令执行期间不被打断,要么全部执行,要么根本不执行。而顺序性确保即使两条或多条指令出现在独立的执行线程中,甚至独立的处理器上,它们本该执行的顺序依然要保持。

2.3. 原子位操作

原子位操作定义在文件中。令人感到奇怪的是位操作函数是对普通的内存地址进行操作的。原子位操作在多数情况下是对一个字长的内存访问,因而位号该位于0-31之间(在64位机器上是0-63之间),但是对位号的范围没有限制。

编写内核代码,只要把指向了你希望的数据的指针给操作函数,就可以进行位操作了:

unsigned long word = 0;

set_bit(0, &word); /*第0位被设置*/

set_bit(1, &word); /*第1位被设置*/

clear_bit(1, &word); /*第1位被清空*/

change_bit(0, &word); /*翻转第0位*/

为什么关注原子操作?
1)在确认一个操作是原子的情况下,多线程环境里面,我们可以避免仅仅为保护这个操作在外围加上性能开销昂贵的锁。
2)借助于原子操作,我们可以实现互斥锁。
3)借助于互斥锁,我们可以把一些列操作变为原子操作。

GNU C中x++是原子操作吗?
答案不是。x++由3条指令完成。x++在单CPU下不是原子操作。
对应3条汇编指令
movl x, %eax
addl $1, %eax
movl %eax, x
在vc2005下对应
++x;
004232FA mov eax,dword ptr [x]
004232FD add eax,1
00423300 mov dword ptr [x],eax
仍然是3条指令。
所以++x,x++等都不是原子操作。因其步骤包括了从内存中取x值放入寄存器,加寄存器,把值写入内存三个指令。

如何实现x++的原子性?
在单处理器上,如果执行x++时,禁止多线程调度,就可以实现原子。因为单处理的多线程并发是伪并发。
在多处理器上,需要借助cpu提供的Lock功能。锁总线。读取内存值,修改,写回内存三步期间禁止别的CPU访问总线。同时我估计使用Lock指令锁总线的时候,OS也不会把当前线程调度走了。要是调走了,那就麻烦了。

在多处理器系统中存在潜在问题的原因是:
不使用LOCK指令前缀锁定总线的话,在一次内存访问周期中有可能其他处理器会产生异常或中断,而在异常处理中有可能会修改尚未写入的地址,这样当INC操作完成后会产生无效数据(覆盖了前面的修改)。

spinlock 用于CPU同步, 它的实现是基于CPU锁定数据总线的指令.
当某个CPU锁住数据总线后, 它读一个内存单元(spinlock_t)来判断这个spinlock 是否已经被别的CPU锁住. 如果否, 它写进一个特定值, 表示锁定成功, 然后返回. 如果是, 它会重复以上操作直到成功, 或者spin次数超过一个设定值. 锁定数据总线的指令只能保证一个机器指令内, CPU独占数据总线.
单CPU当然能用spinlock, 但实现上无需锁定数据总线.

spinlock在锁定的时候,如果不成功,不会睡眠,会持续的尝试,单cpu的时候spinlock会让其它process动不了.


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