TargetFinder下载使用---miRNA靶点识别

原创 已于 2022-09-14 23:31:53 修改 · 2k 阅读 · 3 ·
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于 2022-03-11 22:00:52 首次发布
TargetFinder是一款用于植物miRNA靶点预测的工具，依赖Perl和FASTA35。用户需要从GitHub下载软件，解压后进行编译安装，并将FASTA35加入PATH环境变量。软件使用时，通过命令行指定输入的小RNA序列文件、目标数据库文件和输出文件，可选择不同的输出格式和线程数。文章提供了详细的安装和使用步骤。
TargetFinder下载使用—miRNA靶点识别
1. 软件下载安装

GitHub中下载zip文件压缩包，解压后，进入文件夹

unzip TargetFinder-master.zip
cd TargetFinder-master/

软件运行依赖

Perl (v5.8+)
FASTA35 binaries from (http://fasta.bioch.virginia.edu/fasta_www2/fasta_down.shtml)

FASTA35链接中下载的是FASTA36了（2022-3-11），可以找到FASTA35的版本链接：

https://fasta.bioch.virginia.edu/wrpearson/fasta/fasta33-
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玉米基因miRNA结合位点预测工具
沉香best的博客
02-09 2345
打开官网后，如下所示：psRNATarget是一个在线工具，用于预测植物小RNA和宿主基因的互作关系。它基于植物小RNA和宿主基因的序列数据，使用一个准确的算法进行分析和预测。用户可以输入小RNA和宿主基因的序列，或者直接上传相应的FASTA文件。该页面会显示预测结果，包括小RNA的靶向位点，以及宿主基因的功能注释和调控网络。用户还可以进行进一步分析，例如查看小RNA和宿主基因的共表达网络，以及预测小RNA的调控效应。
targetfinder
05-24
TargetFinder TargetFinder是用于识别和表征远端增强子的基因靶标的管道。 在《自然遗传学2015》（即将出现）中，“增强子-启动子的相互作用是由复杂的基因组标记在环染色质上编码的”中，我们使用TargetFinder进行以下操作： 表明基因组的三维结构是通过相对较少的一维分析（包括蛋白质结合和表观遗传修饰）编码的。 了解循环相互作用的复杂特征，表明循环染色质（增强子与启动子之间的窗口）上的标记比增强子或启动子近端标记更具预测性。 侧翼于增强子（+/- 3kb）的标记子集可恢复整个窗口的大部分预测能力。 确定6条ENCODE细胞系和一条“组合”系的特征的最小预测子集，确定高度预测谱系特定的数据集以及可能推广到新细胞系的数据集。 快速筛选与循环相互作用相关的新功能基因组学数据集。 确定与已知环因子相互作用的，研究不足的蛋白质和表观遗传修饰，以大大减少假阳性预测
TargetFinder 安装和使用经验-WSL2-ubuntu
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01-11 1195
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如何快速预测植物小RNA靶基因？TargetFinder工具完整使用指南
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10-25 458
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【免费下载】 开源项目推荐：TargetFinder——植物小RNA靶标预测利器
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使用git协议安装Targetfinder报错fatal: unable to access 'https://github.com/carringtonlab/TargetFinder.git/': GnuTLS recv error (-110): The TLS connection was non-properly terminated.
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