CSR和COO实现spgemm

1) COO实现spgemm 

#include <iostream>
#include <vector>
#include <unordered_map>

// 定义稀疏矩阵的元素
struct Element {
    int row, col;
    double value;
};

// 稀疏矩阵乘法函数
std::vector<Element> spgemm(const std::vector<Element>& A, const std::vector<Element>& B, int rowsA, int colsB) {
    //创建可自由缩放的二维矩阵数组
    std::unordered_map<int, std::unordered_map<int, double>> result;

    std::unordered_map<int, std::vector<Element>> B_col;
    for (const auto& elem : B) {
        B_col[elem.col].push_back(elem);// 将B矩阵转换为列主序, 为下面的判断做准备
    }

    // 进行乘法运算
    for (const auto& a : A) {
        //判断矩阵A的列在矩阵B中是否有对应的行相匹配
        if (B_col.find(a.col) != B_col.end()) {
            //a是向量A中的一个数据类型为element的元素, a.col代表元素element.col
            //B_col[a.col]: 确保矩阵B的行与矩阵A的列相匹配
            for (const auto& b : for (const auto& b : B_col[a.col]) {
                result[a.row][b.col] += a.value * b.value;
            }) {
                result[a.row][b.col] += a.value * b.value;
            }
        }
    }

    // 将结果转换为COO格式
    std::vector<Element> C;
    for (const auto& row : result) {
        for (const auto& col : row.second) {
            C.push_back({row.first, col.first, col.second});
        }
    }
    return C;
}

int main() {
    // 示例稀疏矩阵A和B
    std::vector<Element> A = {{0, 0, 1.0}, {0, 1, 2.0}, {1, 0, 3.0}};
    std::vector<Element> B = {{0, 0, 4.0}, {1, 0, 5.0}, {1, 1, 6.0}};

    // 计算A * B
    std::vector<Element> C = spgemm(A, B, 2, 2);

    // 输出结果
    for (const auto& elem : C) {
        std::cout << "C(" << elem.row << ", " << elem.col << ") = " << elem.value << std::endl;
    }

    return 0;
}


2) CSR实现spgemm

#include <iostream>
#include <vector>
#include <unordered_map>
#include <stdexcept>
using namespace std;

// CSR格式的稀疏矩阵
struct CSRMatrix {
	std::vector<int> row_ptr;  // 每行的起始索引
	std::vector<int> col_idx;  // 非零元素的列索引
	std::vector<double> values;  // 非零元素的值
	int rows, cols;  // 矩阵的行数和列数
};

// SpGEMM算法实现
CSRMatrix spgemm(const CSRMatrix& A, const CSRMatrix& B) {
	// 检查矩阵整体维度是否匹配
	if (A.cols != B.rows) {
		throw std::invalid_argument("Matrix dimensions do not match for multiplication.");
	}

	CSRMatrix C;
	//初始化C矩阵的rows和cols
	C.rows = A.rows;
	C.cols = B.cols;
	//初始化c.row_ptr, 并将元素值都设为0
	C.row_ptr.resize(C.rows + 1, 0);

	// //定义元素个数为C.rows, 元素类型为字典的向量, 临时存储每行的非零元素
	// 实现了可以自动扩展大小的二级数组的效果
	std::vector<std::unordered_map<int, double>> temp(C.rows);

	// 遍历矩阵A的每一行
	for (int i = 0; i < A.rows; ++i) {
		// 遍历A的当前行的每一个非零元素
		//由于CSR存储格式的特征, row_ptr[i+1]-row_ptr[i]代表第i行元素的个数
		for (int j = A.row_ptr[i]; j < A.row_ptr[i + 1]; ++j) {
			int a_col = A.col_idx[j];  // A的列索引
			double a_val = A.values[j];  // A的值
			//B.row_ptr[a_col]: 找到与A的列对应的矩阵B的行
			for (int k = B.row_ptr[a_col]; k < B.row_ptr[a_col + 1]; ++k) {
				int b_col = B.col_idx[k];  // B的列索引, 与矩阵A中某一行相乘的矩阵B中的某一个列号
				double b_val = B.values[k];  // B的值
				temp[i][b_col] += a_val * b_val;  // 累加结果
			}
		}
	}

	// 将临时存储的结果转换为CSR格式
	for (int i = 0; i < C.rows; ++i) {
		for (const auto& pair : temp[i]) {
			C.col_idx.push_back(pair.first);  // 列索引
			C.values.push_back(pair.second);  // 值
		}
		C.row_ptr[i + 1] = C.col_idx.size();  // 更新行指针
	}

	return C;
}

int main() {
	
	// 示例矩阵A的初始化
	CSRMatrix A = {
		{0, 2, 4},  // 行指针
		{0, 1, 0, 2},  // 列索引
		{1.0, 2.0, 3.0, 4.0},  // 值
		2, 3  // 行数和列数
	};

	// 示例矩阵B的初始化
	CSRMatrix B = {
		{0, 1, 3, 4},  // 行指针
		{0, 1, 2, 2},  // 列索引
		{5.0, 6.0, 7.0, 8.0},  // 值
		3, 3  // 行数和列数
	};

	// 计算矩阵C = A * B
	CSRMatrix C = spgemm(A, B);

	// 输出结果矩阵C
	std::cout << "C.row_ptr: ";
	for (int val : C.row_ptr) std::cout << val << " ";
	std::cout << "\nC.col_idx: ";
	for (int val : C.col_idx) std::cout << val << " ";
	std::cout << "\nC.values: ";
	for (double val : C.values) std::cout << val << " ";
	std::cout << std::endl;
	return 0;
}

<think>好的,我现在需要解决用户的问题:如何用Python实现COOCSR矩阵格式的源代码。首先,我得回顾一下这两种稀疏矩阵格式的基本概念存储方式。 COOCoordinate Format)格式,我记得它是通过存储非零元素的行索引、列索引值三个数组来表示矩阵的。比如,每个非零元素由(row[i], col[i], data[i])组成。这种格式适合构建矩阵,但在进行矩阵运算时可能效率不高,所以通常转换为CSR或其他格式进行计算。 然后是CSR(Compressed Sparse Row)格式,它使用三个数组:数据值、列索引行偏移。行偏移数组中的每个元素表示该行第一个非零元素在数据数组中的位置。这样在访问某一行的时候可以快速定位到对应的元素,适合行操作。 用户需要的是源代码实现,所以我应该从定义类开始,包含必要的属性方法。比如,COO类需要rows、cols、data三个数组,而CSR类需要data、indices、indptr三个数组。此外,可能还需要实现一些基本操作,比如转换为密集矩阵(to_dense),或者矩阵向量乘法(dot)等。 接下来,我需要考虑如何将COO转换为CSR。这涉及到对行索引进行排序,并计算每行的元素数量,生成indptr数组。例如,先对COO的行索引进行排序,然后统计每行的元素数目,最后生成累积的行偏移数组indptr。 对于CSR的矩阵向量乘法,需要遍历每一行,取出该行的元素在data中的起始结束位置,然后对每个元素乘以向量对应的列索引的值,累加结果。这部分的代码需要仔细处理索引,确保正确性。 另外,测试部分也很重要。比如创建一个COO矩阵,转换成CSR后,验证其密集表示是否正确。同时测试矩阵向量乘法的结果是否符合预期。 还要注意代码的效率,虽然Python本身不是最快的,但合理利用列表推导内置函数可以提高一些性能。不过,用户可能更关注实现的正确性清晰度,而不是极致的速度,因为实际应用中会使用SciPy等优化库。 在参考用户提供的引用中,引用[3]提到CSR格式通过存储非零元素的值、列索引行起始位置来表示矩阵,访问元素时性能较好。引用[4]提到在构造CSR时可能先创建COO矩阵再转换,这说明COO常用于构建阶段,而CSR用于计算阶段,这支持了在代码中实现COOCSR转换的必要性。 可能遇到的问题包括如何处理重复的坐标(比如COO中同一位置的多个值),通常处理方式是累加或者覆盖,但在简单的实现中可能假设所有坐标都是唯一的。此外,生成indptr数组时需要正确的偏移计算,这部分需要仔细处理,比如使用cumsum函数。 现在,把这些思路整理成代码结构。首先定义COO类,包含rows、cols、data属性,以及to_csr方法to_dense方法。然后定义CSR类,包含data、indices、indptr属性,以及dot方法to_dense方法。 在COOCSR时,需要对行进行排序,然后统计每行的元素数量,生成indptr。例如,先根据行列对元素进行排序,然后遍历排序后的行数组,统计每行的元素数目,再计算累积作为indptr。 测试案例部分,可以创建一个3x3的矩阵,比如非零元素在(0,0)=1,(1,2)=2,(2,1)=3,转换成CSR后检查indptr是否正确为[0,1,2,3],然后验证矩阵向量乘积是否正确。 最后,需要生成相关问题,比如性能优化、格式比较、应用场景等,以帮助用户进一步学习。</think>### COOCSR矩阵格式的Python实现 以下是COOCoordinate Format)CSR(Compressed Sparse Row)格式的简化版Python实现,包含核心逻辑。 --- #### 1. **COO格式实现** COO格式通过三个数组存储非零元素的行索引、列索引值: ```python class COOMatrix: def __init__(self, rows, cols, data, shape): self.rows = rows # 行索引数组 self.cols = cols # 列索引数组 self.data = data # 非零值数组 self.shape = shape # 矩阵维度 (m, n) def to_dense(self): # 生成密集矩阵 dense = [[0 for _ in range(self.shape[1])] for _ in range(self.shape[0])] for i in range(len(self.data)): dense[self.rows[i]][self.cols[i]] += self.data[i] return dense def to_csr(self): # 将COO转换为CSR # 按行主序排序 sorted_indices = sorted(zip(self.rows, self.cols, self.data), key=lambda x: (x[0], x[1])) sorted_rows, sorted_cols, sorted_data = zip(*sorted_indices) if sorted_indices else ([], [], []) # 计算indptr indptr = [0] * (self.shape[0] + 1) current_row = 0 for row in sorted_rows: while current_row < row: current_row += 1 indptr[current_row + 1] = indptr[current_row] indptr[current_row + 1] += 1 return CSRMatrix(sorted_data, sorted_cols, indptr, self.shape) ``` --- #### 2. **CSR格式实现** CSR格式通过`data`(非零值)、`indices`(列索引)、`indptr`(行偏移)存储矩阵: ```python class CSRMatrix: def __init__(self, data, indices, indptr, shape): self.data = data # 非零值数组 self.indices = indices# 列索引数组 self.indptr = indptr # 行偏移数组 self.shape = shape # 矩阵维度 (m, n) def to_dense(self): # 生成密集矩阵 dense = [[0] * self.shape[1] for _ in range(self.shape[0])] for i in range(self.shape[0]): start = self.indptr[i] end = self.indptr[i+1] for j in range(start, end): col = self.indices[j] dense[i][col] = self.data[j] return dense def dot(self, vector): # 矩阵与向量相乘 result = [0] * self.shape[0] for i in range(self.shape[0]): start = self.indptr[i] end = self.indptr[i+1] for j in range(start, end): result[i] += self.data[j] * vector[self.indices[j]] return result ``` --- #### 3. **测试示例** ```python # 创建COO矩阵:3x3矩阵,非零元素在(0,0)=1,(1,2)=2,(2,1)=3 coo = COOMatrix( rows=[0, 1, 2], cols=[0, 2, 1], data=[1, 2, 3], shape=(3, 3) ) # 转换为CSR格式 csr = coo.to_csr() print("CSR密集矩阵:", csr.to_dense()) # 输出: [[1,0,0], [0,0,2], [0,3,0]] # 矩阵-向量乘法 vector = [2, 4, 6] print("矩阵乘积:", csr.dot(vector)) # 输出: [2, 12, 12] ``` --- #### 4. **关键逻辑说明** - **COOCSR**:需按行排序非零元素,并通过`indptr`记录每行的起始位置[^3]。 - **CSR的矩阵乘法**:利用`indptr`快速定位每行的非零元素,时间复杂度为$O(\text{非零元素数})$[^4]。 ---
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