cytoscape的安装以及核心基因分析

最新推荐文章于 2025-05-18 22:09:34 发布
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本文介绍了Cytoscape的下载、安装步骤，以及如何安装和使用CytoHubba插件。在安装CytoHubba时，由于网络问题，建议直接从官方网址下载jar包进行手动安装。

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RNA-seq分析：Step10（Cytoscape制作蛋白质互作网络及寻找核心基因）
沉香best的博客
09-09 2886
Cytoscape是一个生物信息学工具，用于可视化和分析分子相互作用网络。在Cytoscape软件中，输入的edges文件指的是连接节点的边缘信息，该文件包含了所有边缘的起始节点和终止节点的信息。通过同时导入edges和nodes文件，Cytoscape可以生成一个可视化的网络图，其中所有节点和边缘的属性信息可以根据需要进行调整和编辑。在寻找核心基因时，我们可以利用Cytoscape提供的网络分析工具，如度中心性、介数中心性、紧密度等指标，来计算网络中各节点的重要性，并筛选出具有重要作用的核心基因。
全网超全！蛋白互作网络工具Cytoscape安装教程（附安装包），以及使用教程！...
E_Magic_Cube的博客
08-26 2776
✨【元素魔方学术俱乐部】✨????‍????????‍????我们创建了一个学术交流群给全国各地以及各种研究方向的硕博和老师们提供一个交流的平台????????感兴趣的话欢迎加入????本公众号中回复“社群”会自动发送二维码，扫码就能加入啦群内可以交流学术问题????，或者交交朋友要是搞网恋的话我们也不拦你，还会帮你????????！为了方便各位更快的找到自己所需要的科研软件，因此我做了一个往期软件目录，点击蓝色字体即可链接对应文章！ 软件名称...
【附安装包】Cytoscape软件下载、安装、插件学习[基础教程]
最新发布
2503_92066923的博客
05-18 780
今天分享的内容是自己遇到问题后，咨询社群里面的同学，帮忙解决的总结。关于Cytoscape，对于做组学或生物信息学的同学基本是陌生的，可能有的同学用这个软件作图是非常溜的，做出来的网络图也是十分的好看，“可玩性”很高，就像前面分享的aPEAR包一样aPEAR包绘制功能富集网络图。自己在前面写论文的时候也是一直在使用，以前使用的版本是3.3.0的版本。但是，时间一长，很多操作都忘记。今天，在自己的台式机上使用Cytoscape软件，想要安装插件，但是发现3.3.0这个版本安装不了。
cytoscape教程
10-23
cytoscape教程，简单协助应用该教程进行绘图，可将可视化图片设置成想要的效果，易学实用。
网络药理学：6、零基础复现一篇生信文章：中药-成分-靶点网络/同心圆图制作（导入网络报错解决）、PPI网络制作、String数据库、Cytoscape3.8.2（相关插件CytoHubba）使用教程
shanshan的博客
09-10 5738
所以新建第二列，将前30个靶点的第二列输入为1。后面的小图，在这里我们可以双击最大值和最小值的方框，输入对应的同心圆的半径，在这里我最大输入了120，最小输入了50，可以看到网络图不同权重的节点也有了大小之分。好的，接下来，我们选择最小的一批Degree值对应的节点（相当于同心圆的第三圈），如下，遇到了一个问题，就是这第三圈同心圆的半径实在是太小了，和第二圈挨得很近。就是PPI网络图中会出现的节点，因为我们要构建的网络图是“中药-成分-靶点”的图，所以节点一共会有三种，分别是“中药”、“成分”、“靶点”。
Cytoscape软件的插件和扩展功能有哪些？
weixin_43236633的博客
01-06 1732
Cytoscape软件的插件和扩展功能有哪些？
Cytoscape3.7.1安装包
09-09
Cytoscape源自系统生物学，用于将生物分子交互网络与高通量基因表达数据和其他的分子状态信息整合在一起，其最强大的功能还是用于大规模蛋白质-蛋白质相互作用、蛋白质-DNA和遗传交互作用的分析。通过Cytoscape，...
Cytoscape使用方法(正式版本)_Cytoscape_
09-29
它提供了丰富的功能，包括网络构建、可视化、分析和应用扩展，使得研究人员能够对分子交互网络、基因调控网络以及各类复杂系统进行深入研究。Cytoscape 2.6是其早期的一个正式版本，尽管现在已有更新迭代，但了解这...
基于基因芯片筛选恶性周围神经鞘瘤的核心基因和通路.pdf
07-26
最终，通过PPI网络筛选得到了10个核心基因，其中前三个核心模块所涉及的基因富集分析表明，DEGs主要与细胞周期、系统性红斑狼疮以及补体和凝血级联相关。这些发现不仅揭示了MPNSTs潜在的发病机制，而且筛选得到的...
找工作知识储备(3)---从头说12种排序算法：原理、图解、动画视频演示、代码以及笔试面试题目中的应用
寒小阳
09-29 3万+
这里对笔试面试最常涉及到的12种排序算法(包括插入排序、二分插入排序、希尔排序、选择排序、冒泡排序、鸡尾酒排序、快速排序、堆排序、归并排序、桶排序、计数排序和基数排序)进行了详解。每一种算法都有基本介绍、算法原理分析、图解/flash演示/视频演示、算法代码、笔试面试重点分析、笔试面试题等板块，希望能帮助大家真正理解这些排序算法，并能使用这些算法的思想解决一些题。不多说了，下面就进入正题了。
Cytoscape_3_8_0_windows_64x安装足够用.zip
08-28
sytoscape软件安装包，JAVA软件安装包，包括安装方法，绝对省时省力。sytoscape软件是强大的生信分析软件，但是在安装使用的过程中，由于需要JRE运行环境。sytoscape_3_8以上版本，需要最低配置的jre11，需要安装JDK11以上版本，并进行环境搭建。本资源可助你快速完成，节约大量时间。
互作网络可视化-Cytoscape简单教程
热门推荐
almostfullmoon的博客
10-19 4万+
目录 零、数据准备 1、二维关系表一维化 2、关注基因制表 3、属性文件 一、数据导入 二、图的筛选 三、图的布局 四、设置图中节点与边的样式-以及根据值大小调整 根据值相关性调整 五、图放大缩小-旋转 ​ 零、数据准备 1、二维关系表一维化 这是原表，展现菌群与样本之间的相关性的二维表 可用power query进行逆透视化，office2019已经集成在程序内 一维化结果二维表转一维表，需要选择除第一列以外的列，然后点逆透视 产生的一维表，就是包含两个节点，..
使用Cytoscape的NetworkAnalyzer工具计算网络相关属性
庐州月光的博客
11-07 1万+
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! 在之前的文章中，介绍过igraph工具，可以通过编程处理网络数据，该工具使用与大规模，大批量数据的处理。如果只是偶尔需要分析下网络数据，采用cytoscape这种图形界面工具更加的简单便捷。 cytoscape相信很多人都用过，通常都是用来进行网络的可视化，对于分析网络的基本拓扑属性，比如计算clustering coefficient值等，在cytoscap...
wget下载整个网站
weixin_33737774的博客
01-27 109
wget下载整个网站 wget -r -p -k -np http://source.android.com, -r 表示递归下载,会下载所有的链接,不过要注意的是,不要单独使用这个参数,因为如果你要下载的网站也有别的网站的链接,wget也会把别的网站的东西下载 下来,由于互联网的特性,你很有可能会把整个互联网给下载下来 -...
cytoscape使用方法_信号通路分析工具教程——Cytoscape及OmniPath插件
weixin_39844549的博客
01-09 6410
信号通路（Signal pathway）是指能将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应的一系列酶促反应通路。分析信号通路对于理解生物过程背后的复杂机制至关重要，从文献中捕获有关信号通路的信息对于许多生物学研究的实验设计和分析必不可少。尽管目前信号通路的资源很丰富，但现有碎片化的数据库及其在聚焦点上的差异严重阻碍了合理、全面的信号通路数据库的创建。2016年TüREI等人对人类信号通路的公共资源...
超详细Windows 10 Cytoscape安装教程
qq_45344586的博客
04-09 3万+
超详细Windows 10 Cytoscape安装教程
Cytoscape安装后无法打开
yyywxk的博客
09-21 4万+
Cytoscape是一款图形化显示网络并进行分析和编辑的软件，从官网下载了最新的版本 3.7.2，安装好软件后无论怎么点击都没有反应，没有任何窗口弹出或提示出现。
Cytoscape筛选核心靶点
02-08
### 如何在Cytoscape中筛选核心靶点 #### 数据准备与导入 为了在 Cytoscape 中有效筛选核心靶点，首先需要准备好经过预处理的数据集。这通常涉及从实验数据中提取并整理出适合网络分析的表格文件。例如，在代谢组数据分析过程中，通过单变量分析挑选出具有显著差异的代谢物，并将其保存为 `.tsv` 或者其他可读取格式[^3]。 ```r se_scale <- readRDS("./data/Zeybel-2022/result/QC/se_scale.RDS") datSignif <- data.table::fread("./data/Zeybel-2022/result/DA/Metabolites_FC_VIP_ttest.tsv") head(datSignif) ``` 上述 R 代码展示了如何加载已经完成差异表达分析后的结果表 `datSignif`，其中包含了潜在的关键代谢产物信息。 #### 构建分子相互作用网络 接下来利用这些选定的重要代谢物来创建一个生物分子间的交互作用模型。可以借助 PubChem、TCMSP 数据库等资源获取化合物之间的关联性以及可能的作用机制[^1]。将此信息转换成适用于 Cytoscape 输入的形式——通常是 SIF (Simple Interaction Format) 文件或其他兼容格式。 #### 导入至 Cytoscape 平台 启动 Cytoscape 后，选择 "File -> Import -> Network from File..." 来载入之前制备好的SIF文件或者其他形式的互作矩阵。确保所有节点（即代谢物）及其边（代表它们之间存在的联系）都被正确解析到软件环境中。 #### 应用 WGCNA 插件识别 Hub Nodes 安装并启用 Weighted Gene Co-expression Network Analysis(WGCNA)插件后，可以通过该工具进一步探索复杂系统的内在结构特性。具体操作如下： - **设置参数**：调整聚类阈值等相关配置项以适应特定研究需求； - **执行模块划分**：运行算法自动检测紧密相连的一群基因或蛋白质形成的功能模块； - **计算中心度量**：对于每一个被鉴定出来的子网中的成员评估其在网络内的影响力程度； 最终目的是找出那些连接数较多且处于不同簇交界处的位置重要的实体作为候选的核心靶点。 #### 可视化优化 最后一步是对所获得的结果进行可视化呈现以便于解释说明。调整布局方式使得图形更加直观易懂，比如采用有机形状排列法使整个拓扑看起来更自然和谐。同时还可以根据不同属性给各个顶点着色标记从而突出显示重要区域。
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