FSL计算白质纤维的一些方法 前人总结

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bigsfish
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FSL中FDT的相关操作——数据转换、EDDY、DTIFIT、BEDPOSTX、Registration
luschka的博客
03-07 9041
脑纤维束数据处理与定量分析 使用FSL对弥散成像数据进行处理，在FSL的官网上给出了指导，笔者参考官网的指导整理了处理数据的流程如下 处理流程 数据格式转换（需要手动完成） 检查弥散数据（详细的过程在后面） 使用topup进行磁化率引起的失真校正（场图估计） 使用BET进行剥脑操作 使用eddy进行涡流失真校正，同时校正涡流和对象运动，它还可以使用由充值估算的场图，并校正磁化率引起的失真（操作时间过长，单线程CPU可能需要数小时或是数天，多线程会减少时间，使用GPU加速会快很多） 经过eddy之后，所有
FSL6.0.3/FSL6.0.4完整安装与FSLeyes、imcp、dcm2niix等Not Found修复(centos和ubuntu)
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意疏的学习笔记
01-21 1万+
  这已经是笔者第三篇关于FSL的文章了，足以见其有多么难缠。用官网给的方法，不仅下载慢，而且失败的概率大于99%。所以笔者采用了这篇博客给出的办法，但是这个办法有一个bug，那就是安装完成之后，fsleyes缺失，即fsleyes not found，经过反复试验，最终笔者可以非常顺利的修复fsleyes缺失的问题，现记录在此供大家参考。   操作系统：ubuntu20.04/centos8/centos7   使用工具：Anaconda3-2020.11-Linux   待装软件：fsl6.0.3/f.
使用FSL-FAST分割三种脑组织：白质，灰质，脑脊液
Tina姐的博客
05-12 9297
简单介绍 FSL-FAST FAST（FMRIB 的自动分割工具）将大脑的 3D 图像分割成不同的组织类型: 灰质（grey matter, GM）、白 质 (white matter, WM)、脑脊液(cerebrospinal fluid, CSF)等。 同时还校正空间强度变化（也称为偏置场或 RF 不均匀性， 不过随着现在技术的进步，不均性问题基本不存在了） 底层方法基于隐马尔可夫随机场模型和相关的期望最大化算法。整个过程是完全自动化的，并且还可以产生偏置场校正的输入图像以及概率和/或部分体积组织分割
使用fsl与trackvis对dit进行白质纤维追踪
02-26
利用fsl与trackvis对dti进行白质纤维追踪详细教程，包括预处理，与计算FA，定义roi进行白质纤维追踪等。
FSL——FDT数据统计处理TBSS
luschka的博客
03-09 5084
TBSS TBSS - Tract-Based Spatial Statistics 使用磁共振扩散成像通过测量白质束中水的各向异性扩散来提供有关大脑中解剖学连接性的信息。 分数各向异性（FA）是最常从扩散数据中得出的量度之一，它可以量化局部区域结构的定向强度。 为了定位与发育，退化和疾病相关的大脑变化，许多影像学研究开始在三维像素统计分析中使用FA图像。 但是，使用标准配准算法会影响最佳分析。 对于如何以允许从后续体素分析得出有效结论的方式对齐来自多个对象的FA图像的问题，还没有令人满意的解决方案。 此外
【算法深度解析】：fsl中白质纤维追踪算法的工作原理
![【算法深度解析】：fsl中白质...本文首先概述了白质纤维追踪算法的发展历程和理论基础，重点介绍了fsl算法及其在磁共振成像中的应用。随后详细探讨了fsl算法的实现细节，包括工具包使用、参数设置和实验验证。针对算
【追踪算法揭秘】：fsl白质纤维追踪的内部工作机制解析
本文首先概述了fsl工具箱及其在白质纤维追踪中的应用，然后深入探讨了其理论基础，包括磁共振成像(MRI)技术原理和纤维束成像(DTI)技术原理，进而介绍了白质纤维追踪算法的数学模型。实践中，本文涉
【数据处理艺术】：使用FSL进行dit白质纤维追踪前的数据准备
![【数据处理艺术】：使用FSL进行dit白质纤维追踪前的数据准备](https://ampoladigital.wordpress.com/wp-content/uploads/2017/01/ponderacoes.jpg?w=1040) ...文章接着探讨了基于FSL进行白质纤维追踪的前
零基础入门FSL：从dit到白质纤维追踪的完整攻略
本文全面介绍了FSL（FMRIB Software Library）的基础知识、基本操作和理论基础，并深入探讨了其高级处理技术和在白质纤维追踪中的应用。第一章和第二章概述了FSL的安装过程、用户界面、数据类型、以及神经成像的基本...
Ubuntu22.10安装和配置R/FSL/Freesurfer
lazysnake666的博客
01-21 7482
2018年购入的台式机，一直处于吃灰状态，决定安装Ubuntu方便学习和使用一些基于Linux系统的软件。本文记录相关软件的安装和配置。>安装Ubuntu22.10<到官网下载ISO文件。将一个闲置U盘通过Rufus制作为安装盘。重启按F11设置引导盘，选择U盘进入后，出现几个选项：如果电脑带有英伟达的显卡，大概率第一选项是要卡在安装界面的。各种搜索后了解到大概的原因是：Ubuntu自...
fsleyes:这是一面镜子。随时使用问题跟踪器。欢迎公关
03-18
FSL眼 是图像查看器。 安装 FSLeyes是一个用Python编写的GUI应用程序，它基于构建。 FSLeyes需要使用OpenGL进行可视化。 在大多数情况下，您应该能够按照FSLeyes主页上概述的安装说明进行操作： 。 依存关系 FSLeyes的所有核心依赖项都列在。 和中列出了一些额外的依赖项，这些依赖项提供了附加的功能。 在中列出了运行测试和构建文档的依赖关系。 作为OpenGL应用程序，FSLeyes仅可在具有支持以下版本之一的图形硬件（或软件GL渲​​染器）的计算机上使用： OpenGL 1.4，具有以下扩展： ARB_vertex_program ARB_fragment_program EXT_framebuffer_object GL_ARB_texture_non_power_of_two OpenGL 2.1，具有以下扩展： EXT_fra
【2】FSL MRI 脑部图像安装教程与流程
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医学影像阅读/分析软件FSLeyes安装避坑+核磁共振影像数据处理
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练习记录-用FSL工具对DTI数据进行FDT预处理
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2021-05-09
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