复现 GeoDiff: A Geometric Diffusion Model for Molecular Conformation Generation 代码

时间:2024.11.27

一、代码下载

GeoDiff github代码地址如下:

https://github.com/MinkaiXu/GeoDiff/tree/pretrain

注意是pretrain分支下的代码,而不是main分支下的,原因:“注意:如果您想使用预训练模型,请使用pretrain branch中的代码,这是使用我们的预训练模型重现结果的原始代码库。我们最近注意到代码库存在一些问题并对其进行了更新,导致主分支与之前的检查点不太兼容。”

二、下载数据集和权重

数据集和权重地址官方代码库中已给出。
在这里插入图片描述
下载并解压后,文件路径结构如下:

|--QM9
	|--qm9_property.pkl
	|--test_data_1k.pkl
	|--train_data_40k.pkl
	|--val_data_5k.pkl
|--Drugs
	|--
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