计算相关性，高度/中等/轻微/不相关

最新推荐文章于 2024-09-23 15:23:06 发布

原创最新推荐文章于 2024-09-23 15:23:06 发布 · 1.1k 阅读

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本文介绍了一种使用Python进行数据相关性分析的方法，通过加载数据文件并应用Pearson相关系数来评估变量间的相关性，将结果分为高度、中度、低度相关及不相关四类。

import sys
import numpy as np
from scipy.stats.stats import pearsonr   

X = np.loadtxt(open(sys.argv[1],"r"),delimiter="\t")  
XT=X.T


highlist=[]
midlist=[]
lowlist=[]
nonlist=[]

highdict={}
middict={}
lowdict={}
nondict={}

constlist=[]
constc=0
#print(XT.shape)
for i in range(1,XT.shape[0]):
    if np.max(XT[i])==np.min(XT[i]):
        print 'constan para:',i
        constc+=1
        constlist.append(i)
    else:
        tmpres = pearsonr(XT[0],XT[i])[0]    
        print i,tmpres
        if abs(tmpres)>0.8:
            highlist.append(i)
            highdict[i]=tmpres
        elif abs(tmpres)>0.4:
            midlist.append(i)
            middict[i]=tmpres
            #print i,attrlist[i],tmpres
        elif abs(tmpres)>0.3:
            lowlist.append(i)            
            lowdict[i]=tmpres
        else:
            nonlist.append(i)           
            nondict[i]=tmpres