poj 1080 Human Gene Functions(动态规划)

本文介绍了一种使用动态规划解决DNA序列比对的方法,通过构建特定的积分矩阵来计算两个DNA序列间的最大积分。文章详细展示了如何通过递推公式实现这一过程,并提供了完整的C语言实现代码。

原文:http://blog.acmj1991.com/?p=704

题意:给你两字符串,让你按照题目给出表格的对应关系来进行积分计算,并求最大积分

思路:动态规划 dp[i][j] 表示第一个字符串的前i与第二个字符串前j 对应的最大积分

dp[i][j]=max(dp[i-1][j-1]+mapij,dp[i-1][j]+map0i,dp[i][j-1]+mapj0)

mapij 表示第一个字符串的第i个字符于第二个字符串的第j个字符缩对应的积分

#include<stdio.h>
#include<string.h>
 
#define maxN 110
int map[5][5]={5,-1,-2,-1,-3,
    -1,5,-3,-2,-4,
    -2,-3,5,-2,-2,
    -1,-2,-2,5,-1,
    -3,-4,-2,-1,0};
int dp[maxN][maxN];
char str1[maxN],str2[maxN];
 
int get_id(char s)
{
    if(s=='A')return 0;
    else if(s=='C')return 1;
    else if(s=='G')return 2;
    else if(s=='T')return 3;
    else return 4;
}
int max(int x,int y){return x>y?x:y;}
 
int main()
{;
    int t,len1,len2;
    scanf("%d",&t);
    while(t--){
        scanf("%d%s",&len1,str1);
        scanf("%d%s",&len2,str2);
        for(int i=1;i<=len1;i++)
            dp[0][i]=dp[0][i-1]+map[4][get_id(str1[i-1])];
        for(int i=1;i<=len2;i++)
            dp[i][0]=dp[i-1][0]+map[4][get_id(str2[i-1])];
        for(int i=1;i<=len2;i++){
            for(int j=1;j<=len1;j++){
                int u=get_id(str1[j-1]),v=get_id(str2[i-1]);
                dp[i][j]=dp[i-1][j-1]+map[u][v];
                dp[i][j]=max(dp[i][j],dp[i][j-1]+map[u][4]);
                dp[i][j]=max(dp[i][j],dp[i-1][j]+map[v][4]);
            }
        }
        int maxx=-0x0fffffff;
        for(int i=1;i<=len1;i++){
            dp[len2+1][i]=dp[len2][i-1]+dp[0][len1]-dp[0][i-1];
            maxx=max(maxx,dp[len2+1][i]);
        }
        for(int i=1;i<=len2;i++){
            dp[i][len1+1]=dp[i-1][len1]+dp[len2][0]-dp[i-1][0];
            maxx=max(maxx,dp[i][len1+1]);
        }
        maxx=max(maxx,dp[len2][len1]);
        printf("%d\n",maxx);
    }
}

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