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RSS订阅转载 生物信息bowtie比对软件的结果格式说明
生物信息分析中会用到很多的比对软件，比较常用的有bowtie、bowtie2、bwa等，比对文件的标准格式是sam格式，但是bowtie比对默认输出的格式却不是sam格式，由于bowtie适用于短序列比对，并且看突变碱基比较方便，因此它的默认输出格式还是有一定优势的，下面就来说明一下它的默认输出格式。example：说明：1. query id，也就是你自己...
2019-05-10 13:12:00
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转载 R中解决png不能画图的问题
在生信分析中，常常在服务器上安装了R之后，在运行R画图脚本的时候会出现这样的报错： unable to start device PNG Calls: png In addition: Warning message: In png("abc") : unable to open connection to...
2019-03-11 18:08:00
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转载 centos7.3源码安装mysql
环境说明：该系统第一次安装mysql。自己指定安装目录，指定数据文件目录。linux系统版本：CentOS 7.3 64位安装源文件版本：mysql-5.7版本mysql安装位置：/software/mysql数据库文件数据位置：/data/mysql注：未防止混淆，这里都用绝对路径执行命令 除了文件内容中的#,这里所有带#都是lin...
2018-12-28 16:53:00
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转载 linux中使用split命令分割文件
在生物信息分析中，经常会遇到这种情况，当数据量过大的时候会超出我们服务器的最大资源配置，导致有些软件或者我们自己写的脚本执行不过去，这时我们通常使用的办法就是将输入文件拆成很多份去依次执行，最终将结果文件合并。虽然使用python等语言可以实现拆分文件，但是既然已经有了轮子，我们就没必要去造了，这时我们就用到了linux命令split。 在linux中输...
2018-10-30 17:52:00
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转载 linux中grep、awk、sed的使用
grep的使用：一、grep一般格式：grep[选项]基本正则表达式[文件]这里的正则表达式可以为字符串。在grep命令中输入字符串参数时，最好将其用双引号括起来。调用变量时也可以使用双引号。在调用模式匹配时，应使用单引号。二、grep常用选项：-c只输出匹配行的计数。-i不区分大小写（只用于单字符）。...
2018-03-21 11:14:00
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转载 生物信息gtf文件下载
GTF文件的全称是gene transfer format，主要是对染色体上的基因进行标注。怎么理解呢，其实所谓的基因名，基因座等，都只是后来人们给一段DNA序列起的名字而已，还原到细胞中就是细胞核里面的一条长长的染色体（DNA序列）。而这个GTF文件的主要功能，就是指出我们所谓的基因在染色体上的位置（coordinate），并且还标注了这一段区间的其他信息。 GTF...
2018-02-02 11:14:00
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转载 基因组组装软件SOAPdenovo的使用方法
软件下载地址：可下载地址：https://github.com/aquaskyline/SOAPdenovo2soapdenovo组装可以一步跑完，也可分四步跑完，但是一般还是选择比较简单的一步：一步跑完的脚本:./SOAPdenovo all -s config_file-K 25 -R -D 1 -d -o graph_prefix四步单独跑的脚本:./SOA...
2018-01-25 09:51:00
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转载 python中的迭代器和生成器
一 概要在了解Python的数据结构时，容器(container)、可迭代对象(iterable)、迭代器(iterator)、生成器(generator)、列表/集合/字典推导式(list,set,dict comprehension)众多概念参杂在一起，难免让初学者一头雾水，我将用一篇文章试图将这些概念以及它们之间的关系捋清楚二 容器(container)容器是...
2018-01-12 14:35:00
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转载 git &github 快速入门
本节内容github介绍安装仓库创建&提交代码代码回滚工作区和暂存区撤销修改删除操作远程仓库分支管理多人协作github使用忽略特殊文件.gitignore为什么要用版本控制？假设你在的公司要上线一个新功能，你们开发团队为实现这个新功能，写了大约5000行代码，上线没2天，就发现这个功能用户并不喜欢，你老板让你...
2018-01-08 13:13:00
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转载 centos下安装并使用PureFtpd
本人用的服务器是在阿里上租的ECS，系统为centos7.2。看了一下，用yum安装比较方便，索性就使用它来安装。下载新repo 到/etc/yum.repos.d/wget -O /etc/yum.repos.d/epel.repo http://mirrors.aliyun.com/repo/epel-6.repoyum makecache安装：yum install p...
2017-07-10 15:08:00
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转载 进制转换（各进制的原理）
二进制一个字节等于8个二进制数0 0 0 0 0 0 0 01 1 1 1 1 1 1 1128 64 32 16 8 4 2 11代表有，0代表没有，从右往左看，八个二进制数分别代表了1，2，4，8，16，32，64，128。这8个二进制组合可以代表1~256当中的任何一个数字...
2016-10-23 10:39:00
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转载 python面向对象中的__init__方法怎么理解？
我们在学习python类的时候，总会碰见书上的类中有__init__()这样一个函数，很多同学百思不得其解，其实它就是python的构造方法。构造方法类似于类似init()这种初始化方法，来初始化新创建对象的状态，在一个对象呗创建以后会立即调用，比如像实例化一个类：f = FooBar()f.init()使用构造方法就能让它简化成如下形式：f = FooB...
2016-10-05 10:23:00
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转载 R语言基础绘图
一、可以通过代码或者图形用户界面保存图形，绘图语句夹在开启目标图形设备语句和关闭图形设备的语句之间；pdf("filename.pdf")png("filename.png")jepg("filename.jpg")........dev.off()二、图形参数： 1、通过par()指定参数选项，这种方式设定的参数值除非被再次修改，否则会在绘...
2016-07-31 10:54:00
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空空如也
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