【AlphaFold3】网络架构篇（5）|Template embedding & Pairformer stack

最新推荐文章于 2025-12-19 16:58:32 发布
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分类专栏： 逐解AlphaFold：蛋白质折叠之谜 文章标签： 网络 embedding
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一、Template Embedding-模板嵌入

翻译：

模板嵌入（算法16）将所有原始模板特征整合为成对表示，并与给定的成对表示zijz_{ij}z

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【AlphaFold3】网络架构篇（1）|概览+预测算法
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AlphaFold3在AlphaFold2基础上进行了重大革新，主要体现在：（1）采用更通用的化学结构处理方案，通过改进的输入特征嵌入器支持蛋白质、核酸及小分子的统一表征；（2）用Pairformer替代Evoformer简化MSA处理，降低计算复杂度；（3）创新性地引入扩散模型直接预测原子坐标，摆脱传统几何约束，实现更灵活的分子结构生成。模型采用条件扩散架构，主体条件网络包含模板嵌入器、MSA模块和Pairformer堆叠，通过多轮循环优化特征。扩散模块实现高
【AlphaFold3】网络架构篇（4）|MSA Module
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AlphaFold 3的MSA模块（多序列比对模块）通过改进的注意力机制处理进化信息，显著提升了计算效率。该模块包含4个同质块，通过外积均值将MSA特征转换为成对表示（pair representation），并采用门控加权平均更新MSA特征。与AlphaFold 2相比，其创新点在于：1）独立处理MSA各行，通过成对表示间接传递信息；2）使用SwiGLU激活函数替代ReLU；3）简化注意力计算，完全依赖成对表示生成权重。模块输出作为Pairformer的基础输入，为蛋白质/核酸结构预测提供关键约束。
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Alphafold3技术详解（模型框架）
AlphaFold的原理及解读
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AlphaFold是一种基于深度学习技术的蛋白质结构预测模型。其原理是通过输入蛋白质一级结构，解析二级结构及三级结构。AlphaFold的特征输入包括单氨基酸序列、氨基酸序列标号、同类MSA特征、非同类MSA特征、氨基酸序列交互特征等。模型输出包括氨基酸在三维空间的旋转方向关系和氨基酸之间的空间位置关系。AlphaFold的模型结构分为Encoder模块和Decode模块，其中Encoder模块和IPA等模块
2024-AIDD-人工智能药物设计-AlphaFold3
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【AlphaFold2】深入浅出，Feature Embedding|学习笔记
Yaoyao2024的博客
05-10 1539
特征嵌入一般指的是网络的前几层，将初始的特征（通常是one-hot独热编码）进行，嵌入到第一层可学习的嵌入向量中。此外，我们还会给模型构造位置编码，引入位置信息，弥补注意力机制对位置的感知；然后我们会使用迭代编码优化的机制（Recycling Embedder ），将模型预测的结果作为新一轮的输入，进行迭代优化，从而逐步提高预测的效果。
5 NLP自然语言处理入门--词向量embedding&代码实现(百度架构师手把手带你零基础实践深度学习原版笔记系列)
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5 NLP自然语言处理入门--词向量(百度架构师手把手带你零基础实践深度学习原版笔记系列) 自然语言处理技术面临的挑战 如何让机器像人一样，能够准确理解和使用自然语言？这是当前自然语言处理领域面临的最大挑战。为了解决这一问题，我们需要从语言学和计算两个角度思考。 语言学角度 自然语言数量多、形态各异，理解自然语言对人来说本身也是一件复杂的事情，如同义词、情感倾向、歧义性、长文本处理、语言惯性表达等。通过如下几个例子，我们一同感受一下。 同义词问题 请问下列词语是否为同义词...
深度技术解读AlphaFold3: 谷歌第三代AI工具精准预测生物大分子四级结构
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基于注意力对抗生成网络的AlphaFold从氨基酸序列建立三维蛋白质结构
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AlphaFold可以准确预测蛋白质结构的3D模型，并具有加速生物学各个领域研究的潜力。 蛋白质对于生命至关重要，几乎可以支持其所有功能。 它们是大型复杂分子，由氨基酸链组成，蛋白质的作用很大程度上取决于其独特的3D结构。 弄清楚蛋白质折叠成什么形状被称为“蛋白质折叠问题”，并且在过去的50年中一直是生物学上的巨大挑战。 在一项重大的科学进步中，两年一次的蛋白质结构预测关键评估（CASP）的组织者认为，我们最新的AI系统AlphaFold版本可以解决这一挑战。 这一突破表明，人工智能可以对科学发现产.
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Linux网络--网络层协议 IP
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举一个例子，我们要去一个地方，但是我们不知道路该怎么走，所以我们要找人问路，有的人知道怎么走就把路线告诉我们，有的人不知道该怎么走，但是他告诉我们先走一段路再去问问别人。网络宏观上被分为公网和内网(子网，局域网)，它们的比例是 1 : N ，在内网中Ip地址可以重复，所以我们的私有IP无法出现在公网，因为无法收到应答，那么是怎样进行通信的呢？这是我制作的一张关于公网和子网的分配图，实际上的分配比这要复杂的多，同一个路由器WAN口记录自己的公网IP，LAN口记录自己的子网IP。
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