LAMMPS学习系列(16)

本文介绍了如何使用LAMMPS进行辐照损伤模拟,通过结合前两个实例,创建了一个完整的任务。关键参数包括温度和PKA原子能量,它们对级联碰撞模拟结果产生显著影响。文中详细展示了模拟设置,如原子选择、相互作用势、输出信息以及NVT和NVE系综的运用。利用变量和循环命令简化了多次模拟的提交过程。

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实例二(3)将前两篇推文内容结合一下,即可得一个完整的辐照损伤模拟任务,
in.cas文件内容:
#定义循环变量variable i loop 10 #一般做10到20次
variable seed index 6 8 9 7 2 77 88 66 99 17 #随便写10个正整数
variable T equal 300 # 定义温度,方便随时更换速度
#初始模拟系统设置
units metal
atom_style atomic
boundary p p p
#初始模型构建
lattice bcc 2.8552
region box block 0 30 0 30 0 30 units lattice
create_box 1 box
create_atoms 1 box
注:体系大小应该随着PKA原子能量的变化而变化,设定的PKA原子能量越大,那么构建的体系也应该越大,要保证级联碰撞过程处于体系中心,不会影响边界原子~
#选取中心原子为PKA原子region rpka sphere 15 15 15 0.2 units lattice
group pka
region rpka#定义原子间相互作用势
pair_style eam/fs
pair_coeff * * Fe_mm.eam.fs Fe
#定义输出原子(坐标)/体系(热力学)信息
thermo 2000
thermo_style custom step temp etotal time
dump 1 all custom 500 Fe.i.{i}.

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