Linux中安装clusterprofiler失败

在Linux中通过Anaconda安装clusterprofiler的解决方案
最新推荐文章于 2025-06-24 11:39:03 发布
原创 最新推荐文章于 2025-06-24 11:39:03 发布 · 683 阅读 · 0 ·
CC 4.0 BY-SA版权
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
文章标签：

#linux #笔记

部署运行你感兴趣的模型镜像

您可能感兴趣的与本文相关的镜像

Python3.8

Python3.8

Conda
Python

Python 是一种高级、解释型、通用的编程语言，以其简洁易读的语法而闻名，适用于广泛的应用，包括Web开发、数据分析、人工智能和自动化脚本

【问题记录1：R-ClusterProfiler相关包安装失败】
^_^
01-07 2万+
在我以为ClusterProfiler已经安装好的时候，又遇到了一些问题。 后遂记录一下这些问题和解决方法。 报错1： BiocManager::install(“org.Hs.eg.db”) Warning messages: 1: In file.copy(savedcopy, lib, recursive = TRUE) : 拷贝C:\Users\xyf\Documents\R\win-library\4.0\00LOCK\graphlayouts\libs\x64\graphlayouts.d
R4.2.1安装clusterProfiler
xq_ing的博客
09-15 3054
R4.2.1安装clusterProfiler
在 ubuntu22.04.2 上安装 R 包 clusterProfiler
m0_63679541的博客
09-27 1573
全部安装完成过后，在激活 R 虚环境的情况下直接命令行输入 jupyter notebook 即可自动在浏览器打开 jupyter notebook（如果无法自动跳转，复制给出的链接可在浏览器搜索打开）。听说 R 可以在 jupyter notebook 上使用，昨天在本地 ubuntu22.04 操作系统上创建了 R 的虚环境，安装了 jupyter notebook 和 R kernel。首先需要安装这个包， 就在这里卡壳了，浪费了一下午。提示要安装很多依赖包，有的能安上，有的就不行。
2025.06.24【R语言】|clusterProfiler安装与常见报错FAQ全解
06-24 3088
本文介绍了clusterProfiler工具的安装方法及常见报错解决方案。安装可通过Bioconductor或Conda完成，需注意安装配套注释包。文中列举了10种常见报错，包括依赖包缺失、ID类型不匹配、物种不支持等问题，并给出具体解决方法。最后总结了GO/KEGG富集分析的标准流程，包括ID转换、富集分析和可视化步骤，为生物信息学分析提供实用参考。建议使用R≥4.2版本，并确保正确调用BiocManager进行安装。
clusterProfiler安装
weixin_60876573的博客
02-10 3130
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(version = "3.14") BiocManager::install("clusterProfiler")
clusterprofiler的安装问题
qq_56429571的博客
11-06 3335
C:\Users\ASER\AppData\Local\Temp\RtmpqQWI39\downloaded_packages’里。链接:https://pan.baidu.com/s/1pM1mY9RoogCogzDdnYy3Ww。In install.packages(...) : 安装程序包‘HPO.db’时退出狀態的值不是0。复制这段内容打开「百度网盘APP 即可获取」不存在叫‘HDO.db’这个名字的程辑包。通过百度网盘分享的文件：HPO.db_M…不存在叫‘HDO.db’这个名字的程辑包。
安装clusterProfiler包
weixin_47068403的博客
10-30 5893
source(“https://bioconductor.org/biocLite.R”) biocLite(“DOSE”) biocLite(“topGO”) biocLite(“clusterProfiler”) biocLite(“pathview”) 一、 bioconductor包安装 ##将上面安装方法转为以下步骤安装R包 BiocManager::install(“DOSE”) BiocManager::install(“topGO”) BiocManager::install(“pathvi
clusterprofiler安装包如何安装
03-14
好的，用户想了解如何在R中安装... 若在 Linux 系统（如 Ubuntu）中安装失败，可能需要安装编译工具和库文件： ```bash sudo apt-get install build-essential libcurl4-openssl-dev libxml2-dev ``` ---
如何更新clusterProfiler
03-29
引用[3]提到安装依赖包的问题，可能用户在安装过程中缺少某些依赖。引用[1]显示用户调整了权限，但依然报错，可能权限问题解决了但依赖没解决。 接下来，我需要考虑可能的步骤：首先确认R的版本是否满足...
install.packages(clusterProfiler) Error in install.packages : 找不到对象'clusterProfiler'
06-06
2.在新R环境中安装`clusterProfiler`。###验证安装安装后执行：```rlibrary(clusterProfiler)```若无报错即成功。§§相关问题§§1.如何检查R包的依赖关系?2.R包安装失败的其他常见原因有哪些?3.如何管理多个R版本?...
Centos系统下Rstudio-server调用conda安装的R4.1流程总结
邓飞----育种数据分析之放飞自我
07-06 3528
自从上一次服务器重装系统之后，总感觉缺少了一些东西，安装R包很多依赖库报错，也可以解决，但总是存在，烦。 一天，一个同事问我说ggpubr包安装不成功，我就自己试了一下，真的是……安装不成功。 当你到了我这个年纪（破罐子破摔），你就会知道，如果有包安装不上，那就不安装了。所以我就用资深数据分析师那意味深长的语气劝他（而且一定要营造出分析结果不理想是他数据的问题），R包有很多，为何不换一个呢？ 今天，另一个同事告诉我，说服务器的clusterProfiler和enrichplot自从重新装了服务器，就没有安装
library(clusterProfiler) 错误: package or namespace load failed for ‘clusterProfiler’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]): 不存在叫‘GO.db’这个名称的程序包
最新发布
10-11
我们遇到的问题是：在R语言中加载clusterProfiler包时提示不存在‘GO.db’程序包。这个问题通常是由于依赖包缺失或版本不兼容引起的。下面我们将系统地解决这个问题。 ### 问题分析 `GO.db`是Bioconductor上的一个...
R语言安装clusterProfiler
2301_82025136的博客
02-24 1768
解决安装报错，手把手教学。
富集分析--R包--clusterProfiler下载安装与报错分析解决
Tian問的博客
09-26 2万+
生信分析中富集分析是必不可少的，最常见是调用clusterProfiler包进行分析。clusterProfiler包功能也比较强大，主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化。 但clusterProfiler包依赖的包很多，不仅安装过程复杂、耗时长，而且经常出现各种各样的错误。对于生信小白来说，错误很难解决。本文总结常见的报错。 clusterProfiler包的安装： R version 3.6以上版本： if (!requir...
【R-clusterProfiler包安装经验】
^_^
01-05 9224
前言 这几天打算开始学习一下富集分析，发现这个R中的包：clusterProfiler，遂打算下载安装，开始学习。关于安装的经验也记录一下，以后可能用得上，也可以给需要的人提供下参考。 1.下载安装方法 首先，这个包不能够通过常规的install.packages()安装，需要通过Bioconductor，这个是很多生物分析相关的包的管理器，我暂时还不是很懂，也不好瞎介绍。 在官网就有下载的介绍： Bioconductor-packages-clusterProfiler 也有很多关于这个包的介绍。 if
R安装clusterProfiler包时，安装GenomeInfoDbData包报错
wusitong0515的博客
11-12 1675
试开URL’https://bioconductor.org/packages/3.18/data/annotation/src/contrib/GenomeInfoDbData_1.2.11.tar.gz'‘C:\Users\l\AppData\Local\Temp\RtmpALJhVM\downloaded_packages’里。In install.packages(...) : 安装程序包‘GenomeInfoDbData’时退出狀態的值不是0。安装源码包‘GenomeInfoDbData’
20240707clusterProfiler包安装包错解决
July_Forest的博客
07-07 745
20240707clusterProfiler包安装包错解决
一文帮你搞定R安装clusterProfiler包过程中出现的问题
热门推荐
m0_60609261的博客
10-06 3万+
一文帮你搞定R安装clusterProfiler包过程中出现的问题
解决R 3.6.0下rvcheck版本过高导致安装clusterProfiler失败
yummy2009的专栏
02-18 1622
> BiocManager::install("clusterProfiler") Bioconductor version 3.10 (BiocManager 1.30.10), R 3.6.0 (2019-04-26) Error in get(name, envir = asNamespace(pkg), inherits = FALSE) : object 'get_fun_from_pkg' not found -- > packageVersion("rvcheck").
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值