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RSS订阅原创 PyMOL测量蛋白质中两个原子或残基空间距离
二、点击菜单栏中的Wizard->Measurement 就可以进行距离测量。然后分别选择两个2个原子就可以显示这2个原子的距离。一、 以PDB:4hbk为例，打开PyMOL运行命令载入蛋白（也可以直接 .pdb格式导入）2. 鼠标点击TYR48侧链上的O原子 和 LYS77 侧链上面的N原子；4. 测定完成后，点击Measurement 面板中的done 就可以了。3. 如要测定其他2个原子的距离，鼠标继续点击选择2个原子就可以了；在Pymol中实现两个原子间的空间距离测量。
2024-11-22 14:27:02
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原创 质粒设计中限制性内切酶的保护碱基汇总
由于直接暴露在末端的酶切位点不容易直接被限制性核酸内切酶切开，因此在设计PCR引物时，人为地在酶切位点序列的5'端外侧添加额外的碱基序列，即保护碱基，用来提高将来酶切时的活性。在分子克隆实验中选择载体的酶切位点时，相邻的两个酶切位点往往不能同时使用，因为一个位点切割后留下的碱基过少以至于影响旁边的酶切位点切割。：如果引物设计中包含了酶切位点，那么在酶切位点的5'端外侧添加额外的碱基序列，即保护碱基123，如CGC。引物的末端修饰可以提高引物与目标DNA的亲和性，并增加引物的稳定性。上，从而提高扩增效率。
2024-11-22 14:23:42
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原创 在质粒合成过程中，怎么查找目的蛋白的CDS序列
3.自己设计质粒，自己构建，或者找公司合成质粒，但在质粒设计中，往往先需要找到目的蛋白的CDS序列，下面将分享如何获取目的基因的CDS序列。得到新建序列后，我们就可以根据序列设计相应的引物，再插入相应的质粒中即可。2.已经发表文章所用到的质粒，我们可以邮箱联系作者，看作者是否愿意共享。1.addgene官网上查询是否有开源共享的质粒。把序列粘贴至Snapgene中，新建一个序列。方法：NCBI中寻找目的基因的CDS序列。在NCBI中选择Gene，输入P53。点击NM_000546.6检索号。
2024-11-22 14:23:25
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原创 最详细的质粒构建/引物设计教程分享
选上1，然后在2部分搜酶切位点，选中3，把第一步的目的基因粘贴到4（我一般会在目的基因前面加个GCCACC（Kozak 序列），这样可以增加蛋白产量，如果目的基因后面连接了tag，就把最后三个终止密码子删掉，没有的话就不需要），然后点5。把F和R分别选到引物1和2，然后点右下角聚合酶链反应（PCR），会生成一个新的DNA文件，这个就是模拟PCR后的产物，保存。最后可以自己改一下名字。点红框，然后点比对，把刚刚保存的PCR产物选上，就会出现下图结果。分享的质粒重构教程，祝吴博士科研顺利，CNS文章发发发！
2024-11-22 13:47:42
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空空如也
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