ScienceMetaBench 开源:建立科学文献元数据提取的客观评测基准

开源协作平台Dingo:轻量级自动化工具提升开发团队效率 在现代软件开发中,自动化工具链和协作平台是提升团队效率的关键技术。通过标准化流程和自动化处理,团队能够减少重复劳动,确保代码质量,并加速交付周期。这些工具的核心价值在于将开发、测试、部署等环节无缝衔接,形成高效的工作流。在实际应用场景中,团队常常面临代码审查、版本管理和跨平台协作等挑战。Dingo作为一个开源协作平台,正是针对这些痛点而设计。它通过连接GitHub、GitLab等现有平台,提供轻量级的自动化规则引擎和统一仪表盘,帮助团队实现**自动化工作流**和**项目状态可视化**。该平台采用Go语言和S 阅读详情

导言:
从科学文献 PDF 文档中提取作者、年份、摘要等元数据,构建高效索引与分析,并以此激活海量文档价值,能够直接帮助研究者、图书馆、企业及数据库平台等实现更高效的文献管理、资源数字化、AI知识库构建与数据聚合分析等。然而,面对排版复杂、元素多样的科学文献,如何客观地评估模型的元数据提取能力?

为此,上海人工智能实验室 OpenDataLab 团队推出了 ScienceMetaBench 科学文献元数据提取评测集,该基准旨在建立客观、统一的评估标准,助力社区衡量与比较各类前沿方法的实际性能。其开源不久,获得广泛关注,连续多日登顶 Hugging Face Trending 文档类数据集榜首。

我们诚邀社区同仁使用此基准开展评测、对比与交流,共同推动科学文献智能处理技术的迭代与发展。

🔗 立即体验

● 数据集地址:https://huggingface.co/datasets/opendatalab/ScienceMetaBench

● 评测工具代码 (Dingo):https://github.com/MigoXLab/dingo

一、评测集概览(多场景、多维度的深度覆盖)

ScienceMetaBench 是一个专注于评估科学文献 PDF 元数据提取能力的评测集,涵盖了学术论文 (Paper)、教科书 (Textbook) 与 电子书 (Ebook) 三类典型语料 。在构建过程中,研究团队针对中英文双语环境进行了深度适配,确保元信息的提取逻辑与正文语种保持一致。

为了提升样本的代表性,团队结合了多数据源采样与 K-Means 图像聚类技术,力求覆盖更多元、复杂的排版样式。在标注环节,团队采用了“AI 预标注 + 人工修正”的高效模式,并参考了用于MinerU评测的OmniDocBench 权威评测基准,以确保数据质量与评测维度的专业性。

二、评估体系(标准化、精细化的度量规范)

为了确保评测结果的客观性与公平性,ScienceMetaBench 不仅提供高质量样本,更配套了一套标准化的评估逻辑。在相似度度量上,我们采用基于字符串编辑距离的算法来计算字段准确率,并在计算过程中忽略大小写差异,以力求真实反映模型的提取效能。同时,我们对数据进行了严格的规范化预处理:统一将作者与关键词的分隔符定为英文逗号,对 ISBN 进行了去符号化处理(去掉“-”连接符),并将出版时间标准化至年份(如 2016)。通过在 Qwen2.5-72B 等模型上的初步测试,我们发现不同字段(如 DOI 与 Abstract)的提取难度存在显著差异,这些精细化的反馈将为后续模型的针对性优化提供清晰的数据支撑。

数据格式示例(以论文类为例):

下图展示了从学术论文 PDF 文件中提取的元数据字段示例:

图片

需要从论文首页提取以下关键信息:​​​​​​​

{
  "sha256": "8d3e...f3a", // 文件唯一哈希,确保数据可追溯
  "doi": "10.1186/s41038-017-0090-z", // 唯一标识符
  "title": "Children are not little adults...", // 文献标题
  "author": "Tina L. Palmieri, ...", // 作者姓名,统一用英文逗号分隔
  "keyword": "Blood transfusion, Pediatric", // 关键词,统一用英文逗号分隔
  "abstract": "Blood transfusion in burns larger than...", // 摘要正文
  "pub_time": "2017" // 标准化后的出版年份
}

三、技术背景(基于 MinerU 数据引擎的实践积累)

ScienceMetaBench 的诞生离不开 MinerU 智能文档解析引擎的深厚积累。作为大模型时代的 AI-Ready 数据引擎,MinerU在多模态文档解析领域准确率高达 99%,已为包括 Google Gemini 3 和 DeepSeek 在内的顶尖模型提供评测基准支撑。

如果您觉得这个项目对您的研究或工程有所帮助,恳请在 Hugging Face 和 GitHub 上为我们点个 Star 🌟!

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● 数据集地址:https://huggingface.co/datasets/opendatalab/ScienceMetaBench

● 评测工具代码 (Dingo):https://github.com/MigoXLab/dingo

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B. Palm", title = "Prediction as a candidate for learning deep hierarchical models of data", year = "2012",}```Contact: rasmusbergpalm at gmail dot comDirectories included in the toolbox-----------------------------------`NN/` - A library for Feedforward Backpropagation Neural Networks`CNN/` - A library for Convolutional Neural Networks`DBN/` - A library for Deep Belief Networks`SAE/` - A library for Stacked Auto-Encoders`CAE/` - A library for Convolutional Auto-Encoders`util/` - Utility functions used by the libraries`data/` - Data used by the examples`tests/` - unit tests to verify toolbox is workingFor references on each library check REFS.mdSetup-----1. Download.2. addpath(genpath('DeepLearnToolbox'));Example: Deep Belief Network---------------------```matlabfunction test_example_DBNload mnist_uint8;train_x = double(train_x) / 255;test_x = double(test_x) / 255;train_y = double(train_y);test_y = double(test_y);%% ex1 train a 100 hidden unit RBM and visualize its weightsrand('state',0)dbn.sizes = [100];opts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;opts.momentum = 0;opts.alpha = 1;dbn = dbnsetup(dbn, train_x, opts);dbn = dbntrain(dbn, train_x, opts);figure; visualize(dbn.rbm{1}.W'); % Visualize the RBM weights%% ex2 train a 100-100 hidden unit DBN and use its weights to initialize a NNrand('state',0)%train dbndbn.sizes = [100 100];opts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;opts.momentum = 0;opts.alpha = 1;dbn = dbnsetup(dbn, train_x, opts);dbn = dbntrain(dbn, train_x, opts);%unfold dbn to nnnn = dbnunfoldtonn(dbn, 10);nn.activation_function = 'sigm';%train nnopts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;nn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.10, 'Too big error');```Example: Stacked Auto-Encoders---------------------```matlabfunction test_example_SAEload mnist_uint8;train_x = double(train_x)/255;test_x = double(test_x)/255;train_y = double(train_y);test_y = double(test_y);%% ex1 train a 100 hidden unit SDAE and use it to initialize a FFNN% Setup and train a stacked denoising autoencoder (SDAE)rand('state',0)sae = saesetup([784 100]);sae.ae{1}.activation_function = 'sigm';sae.ae{1}.learningRate = 1;sae.ae{1}.inputZeroMaskedFraction = 0.5;opts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;sae = saetrain(sae, train_x, opts);visualize(sae.ae{1}.W{1}(:,2:end)')% Use the SDAE to initialize a FFNNnn = nnsetup([784 100 10]);nn.activation_function = 'sigm';nn.learningRate = 1;nn.W{1} = sae.ae{1}.W{1};% Train the FFNNopts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;nn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.16, 'Too big error');```Example: Convolutional Neural Nets---------------------```matlabfunction test_example_CNNload mnist_uint8;train_x = double(reshape(train_x',28,28,60000))/255;test_x = double(reshape(test_x',28,28,10000))/255;train_y = double(train_y');test_y = double(test_y');%% ex1 Train a 6c-2s-12c-2s Convolutional neural network %will run 1 epoch in about 200 second and get around 11% error. %With 100 epochs you'll get around 1.2% errorrand('state',0)cnn.layers = { struct('type', 'i') %input layer struct('type', 'c', 'outputmaps', 6, 'kernelsize', 5) %convolution layer struct('type', 's', 'scale', 2) %sub sampling layer struct('type', 'c', 'outputmaps', 12, 'kernelsize', 5) %convolution layer struct('type', 's', 'scale', 2) %subsampling layer};cnn = cnnsetup(cnn, train_x, train_y);opts.alpha = 1;opts.batchsize = 50;opts.numepochs = 1;cnn = cnntrain(cnn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = cnntest(cnn, test_x, test_y);%plot mean squared errorfigure; plot(cnn.rL);assert(er<0.12, 'Too big error');```Example: Neural Networks---------------------```matlabfunction test_example_NNload mnist_uint8;train_x = double(train_x) / 255;test_x = double(test_x) / 255;train_y = double(train_y);test_y = double(test_y);% normalize[train_x, mu, sigma] = zscore(train_x);test_x = normalize(test_x, mu, sigma);%% ex1 vanilla neural netrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);opts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samples[nn, L] = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.08, 'Too big error');%% ex2 neural net with L2 weight decayrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);nn.weightPenaltyL2 = 1e-4; % L2 weight decayopts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samplesnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex3 neural net with dropoutrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);nn.dropoutFraction = 0.5; % Dropout fraction opts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samplesnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex4 neural net with sigmoid activation functionrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);nn.activation_function = 'sigm'; % Sigmoid activation functionnn.learningRate = 1; % Sigm require a lower learning rateopts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samplesnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex5 plotting functionalityrand('state',0)nn = nnsetup([784 20 10]);opts.numepochs = 5; % Number of full sweeps through datann.output = 'softmax'; % use softmax outputopts.batchsize = 1000; % Take a mean gradient step over this many samplesopts.plot = 1; % enable plottingnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex6 neural net with sigmoid activation and plotting of validation and training error% split training data into training and validation datavx = train_x(1:10000,:);tx = train_x(10001:end,:);vy = train_y(1:10000,:);ty = train_y(10001:end,:);rand('state',0)nn = nnsetup([784 20 10]); nn.output = 'softmax'; % use softmax outputopts.numepochs = 5; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 1000; % Take a mean gradient step over this many samplesopts.plot = 1; % enable plottingnn = nntrain(nn, tx, ty, opts, vx, vy); % nntrain takes validation set as last two arguments (optionally)[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');```[![Bitdeli Badge](https://d2weczhvl823v0.cloudfront.net/rasmusbergpalm/deeplearntoolbox/trend.png)](https://bitdeli.com/free "Bitdeli Badge")

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