MIMICIV中SOFA评分计算（WINDOWS）

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已于 2022-03-30 11:10:21 修改 · 5.1k 阅读

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#postgresql #数据库

于 2021-04-08 12:35:58 首次发布

本文介绍了如何在Windows环境下，利用pgAdmin和PostgreSQL处理MIMICIV数据库，调整官方SQL代码以计算SOFA评分。首先需要安装必要的function，然后逐个运行衍生数据的SQL脚本，如icu_hourly.sql。虽然过程涉及较多手动操作，但有助于理解数据提取流程。对于Windows用户来说，自动化方法可能存在挑战。

首先声明，这篇的操作有许多需要手动的地方，不能一键生成，也希望以后能有更快捷的手法。
之前讲了MIMICIV数据库在PostgreSQL中的安装，今天主要是讲在pgAdmin中调整原代码并生成SOFA评分。

0. 谋定而后动

在pgAdmin中选中数据库，右键选择Query Tool，接着打开sofa.sql
在这里插入图片描述
可以看到，除了原生数据之外，sofa评分还使用了icu_hourly, ventilation, vitalsign等衍生数据，如下表：

SOFA	需要的衍生数据	衍生数据需要的衍生数据
	icu_hourly	icu_times
	ventilation	ventilator_setting, oxygen_delivery
	vitalsign
	gcs
	enzyme
	chemistry
	complete_blood_count
	urine_output_rate	urine_output, weight_duration
	epinephrine
	norepinephrine
	dopamine
	dobutamine

如果说sofa.sql是个大BOSS的话，表中的内容就是打BOSS前刷的小怪，要把对应的sql一个一个运行，生成衍生的数据，都准备齐活了才能运行sofa.sql

1. Postgres的时间函数

由于MIMICIV官方给的SQL语句是适用于BigQuery的，因而有些function在PostgreSQL中没有。好在MIMICIII的代码中提供了这些function.
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code.git

用pgAdmin打开postgres-function.sql后，把SET search_path TO mimi

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25 条评论

勤定能补拙 2022.08.06
请教大佬，这个代码是否也适用于mimic iv 2.0版本？谢谢！
- weixin_47751858回复Nicky Cat 2023.03.02
  请问大佬，另一篇文章在哪里哇，怎么直接生成评分啊。谢谢！！
- Nicky Cat回复勤定能补拙 2022.08.08
  2.0版本给了直接生成的代码，看我另一篇博文。当然，这个用在2.0版本也是可以的

a13684321680 2022.06.09
请问mimiciv中有没有创伤评分？

m0_51326077 2021.11.23
楼主说的使用postgres-function.sql后不好用，是后面会有什么错误出现吗？
- Nicky Cat回复m0_51326077 2021.11.25
  优秀，这样最好了，省了很多麻烦
- m0_51326077回复Nicky Cat 2021.11.24
  嗯嗯，好的，谢谢。我按照你说的直接运行postgres-function.sql后就没有报错了。
- Nicky Cat回复m0_51326077 2021.11.24
  我用postgres-function定义了很多函数，但是用的时候，时间函数依旧报错。我想不明白该怎么弄，所以就没用这个，直接修改了用到的时间处理方法

Helen_22 2021.11.09
运行下载的代码总是有语法错误

wyt4812 2021.07.05
楼主好，能把icu_times.sql也改写一下吗？同样是因为时间函数跑不出来。要跑icu_hourly.sql得先把icu_timely.sql跑出来吧[face]emoji:002.png[/face]

天皓丶 2021.06.03
楼主你好，请问能否提供MIMIC-IV下的mimic_derived的SQL代码呢，这个表对许多的查询至关重要，尝试了很久都没做出来。感谢！
- zoey214回复天皓丶 2021.06.09
  不好意思打扰了，请问你下载楼主的SQL代码没有，我下了但是仍然不会运行，求指教[face]emoji:058.png[/face]
- Nicky Cat回复天皓丶 2021.06.04
  我把代码上传到资源中了，系统正在审核。过个一天半天的你再看看。

Dr z 2021.05.10
楼主，您好，我在计算suspicion_of_infection.sql 这个模块时，把CAST(me72.chartdate AS DATETIME)改成了to_timestamp('me72.chartdate','yyyy-MM-dd hh24:mi:ss')，运算结果提示ERROR: 错误: "me72"的值"yyyy"无效 DETAIL: 值必须是一个整数，是因为to_timestamp运算日期后面会出现+08的原因吗？有解决的方法吗？

weixin_57954798 2021.05.07
您好，博主，我应用navicat链接数据库时，运行sofa.sql文件提示错误，不知您是否能讲解一下，谢谢！
- Nicky Cat回复weixin_57954798 2021.05.08
  不好意思，这个我没有用过

simmalysmile 2021.04.23
博主，您好！在导入ventilation时 ERROR: 错误: 字段 "minute" 不存在 LINE 161: ... , DATETIME_DIFF(charttime, charttime_lag, MINUTE)/60... 其次，在导入vitalsign时 ERROR: 错误: 函数 round(double precision, integer) 不存在我看您写的PostgreSQL中的时间及常用操作中不是很明白。您能细说下，是怎么修改的吗？
- simmalysmile回复Nicky Cat 2021.04.23
  非常感谢您的指点。我按照您的步骤导入了sofa。但不知道自己是否正确，想请问您最后有多少条数据。
- Nicky Cat回复simmalysmile 2021.04.23
  你好呀，DATETIME_DIFF的本质是计算时间差，但是postgres中没有这个函数，可以用别的方法替代，比如说[code=sql] DATETIME_DIFF(it.outtime_hr, it.intime_hr, HOUR) [/code] 可以用 [code=sql] EXTRACT(EPOCH FROM it.outtime_hr- it.intime_hr)/(60*60) [/code] 替代，具体的原理和其他的几种方法在我另一篇博文中有写。ROUND()函数报错常常是因为第一个参数要转化成numeric，试试： [code=sql] ROUND(CAST(原来的变量 as numeric), 保留小数位数) [/code]

Dr z 2021.04.22
数据的code里也没找到postgres-function.sql 这个文件楼主能把步骤说的再详细点吗？谢谢
- Nicky Cat回复Nicky Cat 2021.04.23
  我把mimic-code发到云盘上了，有需要可以用链接：https://pan.baidu.com/s/1qxvEd6WHL0CoCxQ2P1ioFQ 提取码：tc88
- Nicky Cat回复Dr z 2021.04.23
  mimiciii的code里是有的，路径是mimic-code\concepts\postgres-functions，你再找找？