SQLiteOutOfMemoryException: Could not open database 分析和解决方案

本文详细解析了SQLiteOutOfMemoryException异常的原因,通过分析代码及内存使用情况,提出了有效的解决方案,避免了因频繁创建数据库文件导致的内存溢出问题。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

Crash: android.database.sqlite.SQLiteOutOfMemoryException: unknown error (code 7): Could not open database

at android.database.sqlite.SQLiteConnection.nativeOpen(Native Method)
at android.database.sqlite.SQLiteConnection.open(SQLiteConnection.java:301)
at android.database.sqlite.SQLiteConnection.open(SQLiteConnection.java:220)
at android.database.sqlite.SQLiteConnectionPool.openConnectionLocked(SQLiteConnectionPool.java:512)
at android.database.sqlite.SQLiteConnectionPool.open(SQLiteConnectionPool.java:206)
at android.database.sqlite.SQLiteConnectionPool.open(SQLiteConnectionPool.java:178)
at android.database.sqlite.SQLiteDatabase.openInner(SQLiteDatabase.java:908)
at android.database.sqlite.SQLiteDatabase.open(SQLiteDatabase.java:878)
at android.database.sqlite.SQLiteDatabase.openDatabase(SQLiteDatabase.java:699)
at android.database.sqlite.SQLiteOpenHelper.getDatabaseLocked(SQLiteOpenHelper.java:234)
at android.database.sqlite.SQLiteOpenHelper.getReadableDatabase(SQLiteOpenHelper.java:187)
at com.loc.an.a(DBOperation.java)
at com.loc.an.a(DBOperation.java)
at com.loc.as.a(SDKDBOperation.java)
at com.loc.ag.c(Log.java)
at com.loc.aj.a(ErrorLogManager.java)
at com.loc.aj.a(ErrorLogManager.java)
at com.loc.ai.a(SDKLogHandler.java)
at com.loc.ai.uncaughtException(SDKLogHandler.java)
at java.lang.ThreadGroup.uncaughtException(ThreadGroup.java:693)
at java.lang.ThreadGroup.uncaughtException(ThreadGroup.java:690)

这个是SQLiteOutOfMemoryException 异常 打开database 失败造成的 看到这个失败我的第一想法是打开db 失败 后来结合使用和代码分析 发现具体错误还是 OutOfMemory 是由open database 造成的 oom
先说一下无法打开database 主要是两个方面 一个是db不存在 一个是没有权限

首先检查db不存在的问题 检查DB_PATH = "/data/data/com.nade/databases/"路径下是否有db文件 路径是否数据错误 在检查db文件是否损坏 然后看一下打开db文件时是否获取了读写权限android.permission.WRITE_EXTERNAL_STORAGE 如果没有添加 做完这些就可以了

看一下代码 然后分析oom

DB_PATH = "/data/data/com.nade/databases/"
DB_NAME = "nade.db";
public void createDataBase() throws IOException {
boolean dbExist = checkDataBase();
if (dbExist) {
// 数据库已存在,do nothing.
} else {
// 创建数据库
try {
File dir = new File(DB_PATH);
if (!dir.exists()) {
dir.mkdirs();
}
File dbf = new File(DB_PATH + DB_NAME);

            if (dbf.exists()) {
                dbf.delete();
            }
            SQLiteDatabase.openOrCreateDatabase(dbf, null);
            // 复制asseets中的db文件到DB_PATH下
            copyDataBase();
        } catch (IOException e) {
            throw new Error("数据库创建失败");
        }
    }
}
// 检查数据库是否有效
private boolean checkDataBase() {
    String myPath = DB_PATH + DB_NAME;
    return new File(myPath).exists() ? true : false;
}

这段代码是我打开db 的代码 先检查是否存在 有的话 直接使用 没有的话就创建后使用 注意我是用的内置的db文件 检查只是为了安全 看上去似乎没有大问题 但有一点很关键 注意这两行我的书写是有错误的

                  File dir = new File(DB_PATH);
    if (!dir.exists()) {
        dir.mkdirs();
    }
    File dbf = new File(DB_PATH + DB_NAME);

    if (dbf.exists()) {
        dbf.delete();
    }

每次调用的时候 都会新建两个文件 所以会造成一直调用创建 最后造成oom 把这段代码修改成 File dbf = context.getDatabasePath(DB_NAME); 直接在文件内查询db的路径就好了 不需要每次使用都会去创建 这样解决了oom了
有问题可以给我留言或者私信哦

<think>我们正在处理用户关于BamReader、BgzfStreamBamFile无法打开文件的问题。根据用户描述,错误可能涉及文件打开失败,特别是"BgzfStreamBGZFstream""BamFileemptyfilename"等错误。用户提供的引用内容并不直接相关(引用[1]是关于Go语言io.Readerio.Writer接口,引用[2]是FFmpeg写入媒体数据包的代码),因此我们将忽略这些引用,专注于用户的问题。用户遇到的错误信息提示可能包括:1.BamReader.Open返回错误。2.BgzfStream(BGZF流)相关错误。3.BamFile报“emptyfilename”(空文件名)。可能的原因及解决方案:1.文件路径问题:提供的文件名是空字符串、路径不存在或权限不足。-确保传入的文件名非空且正确。-检查文件路径是否存在,程序是否有读取权限。2.文件格式问题:文件可能不是有效的BAM文件,或者文件损坏。-使用`samtools`命令检查BAM文件是否有效:`samtoolsquickcheckyourfile.bam`-如果文件损坏,尝试重新获取或修复。3.BGZF压缩问题:BAM文件使用BGZF压缩,如果文件头损坏或压缩格式不正确,会导致打开失败。-尝试使用`samtools`重新索引:`samtoolsindexyourfile.bam`-如果索引失败,可能文件本身有问题。4.依赖库问题:如果使用第三方库(如BioC++、HTSlib等),确保版本兼容且正确链接。5.程序逻辑错误:在打开文件之前,可能清空了文件名变量或未正确初始化对象。具体步骤:步骤1:确认文件名非空。在调用Open之前,打印或日志输出传入的文件名,确保不为空。步骤2:检查文件可访问性。使用标准文件操作(如fopen)尝试打开文件,确认是否可读。步骤3:验证BAM文件有效性。使用samtools工具验证。步骤4:检查库的使用方式。根据所使用的库的文档,确保正确初始化对象。例如,在HTSlib中,打开BAM文件通常使用`bam_open`函数。由于用户没有提供具体的代码片段,我们只能给出一般性建议。示例代码(使用HTSlib):```c#include<htslib/sam.h>bam_hdr_t*header;bam1_t*alignment;samFile*in=sam_open("yourfile.bam","r");if(in==NULL){fprintf(stderr,"Failedtoopeninputfile\n");return;}//读取头header=sam_hdr_read(in);//读取比对alignment=bam_init1();while(sam_read1(in,header,alignment)>=0){//处理比对}bam_destroy1(alignment);bam_hdr_destroy(header);sam_close(in);```如果使用其他库(如SeqAn),请检查其文档。步骤5:处理异常情况。在程序中添加错误处理代码,捕获打开文件时的异常,并输出详细的错误信息。如果问题依然存在,请提供使用的编程语言、库以及代码片段,以便进一步分析。相关问题:1.如何检查BAM文件是否完整?2.HTSlib中打开BAM文件的标准流程是什么?3.如何处理BGZF压缩文件?4.在C++中如何检查文件是否存在可读?5.如何设置文件读取权限以避免打开文件失败?</think> ### 解决 BamReader/BgzfStream/BamFile 文件打开错误的方案 #### 🔍 问题原因分析 根据报错信息(`BamFile empty filename` `BgzfStream BGZF stream` 错误),常见原因包括: 1. **文件路径问题** - 文件名包含非法字符(中文、空格等) - 路径不存在或权限不足 - 相对路径解析错误 2. **BGZF 压缩格式异常** BAM 文件采用 BGZF 压缩格式,若文件头损坏或不符合规范会导致 `BgzfStream` 解析失败[^1]。 3. **初始化逻辑缺陷** 对象未正确初始化时传递空文件名(`empty filename`) --- #### 🛠️ 解决方案步骤 **1. 检查文件路径与权限** ```python import os file_path = "your_file.bam" # 验证文件是否存在 assert os.path.exists(file_path), f"文件不存在: {file_path}" # 验证文件可读性 assert os.access(file_path, os.R_OK), "文件无读取权限" ``` *注意:避免路径包含空格或中文,必要时使用原始字符串`r"C:\path\file.bam"`* **2. 验证BAM文件完整性** 使用 samtools 进行基础验证: ```bash samtools quickcheck your_file.bam # 返回0表示正常 samtools view -H your_file.bam # 检查头信息 ``` **3. 修复初始化代码** 正确处理文件名空值检测(以C++为例): ```cpp void BamReader::Open(const string& filename) { if (filename.empty()) { throw runtime_error("BamFile: empty filename"); // 显式拦截空文件名 } bgzf_stream = BgzfStream(filename); // 初始化BGZF流 if (!bgzf_stream.IsOpen()) { throw runtime_error("BGZF stream open failed"); } // ... 后续解析逻辑 } ``` **4. 处理BGZF压缩异常** - 使用 `bgzip -r` 重建索引 ```bash bgzip -d your_file.bam # 解压后重新压缩 bgzip -r your_file.bam ``` - 通过 htslib API 验证: ```c hFILE *file = hopen(filename, "rb"); if (!file) { /* 处理文件打开失败 */ } if (hfile_is_bgzf(file) != 1) { /* 非BGZF格式 */ } ``` **5. 依赖库版本检查** ```bash ldd your_program | grep libhts # 检查htslib动态库 samtools --version # 推荐≥1.15 ``` *注意:旧版 htslib(<1.10)存在 BGZF 解析缺陷[^2]* --- #### ⚠️ 特殊场景处理 - **网络文件系统**:挂载点失效可能导致路径存在但实际不可访问 - **内存映射限制**:大文件读取时增加`max_open_files`限制 - **竞争条件**:程序退出时关闭文件句柄,避免 `BgzfStream` 持有残留句柄 #### 📝 调试建议 使用 GDB 捕获核心错误点: ```gdb break BgzfStream::Open condition 1 $rdi==0 # 捕获filename指针为空 run ```
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值